در ادامه‌ی ماجراجویی‌هایی باب اسفنجی شلوار مکعبی، این بار باب اسفنجی و پاتریک به یک مأموریت برای نجات گری، که توسط پوسایدون دزدیده شده است، به شهر متروکه و گمشده آتلانتیس سفر می‌کنند. این فیلم برای اولین بار منشأ دیدار باب اسفنجی با گری و آشنایی باب اسفنجی با پاتریک و اختاپوس را فاش می‌کند!
دختر عمو و پدر بزرگ بن‌تن به دردسری بزرگ افتاده‌اند و بن‌تن می‌خواهد به تنهایی، آن‌ها را از این وضعیت نجات دهد؛ اما در ادامه با "دکتر انیمو" روبه‌رو می‌شود و باید ابتدا این شخص را از پیش رو بردارد ...
شخصی تاج پادشاه نپتون را دزدیده است و کسی هم به طور مشخص نمی‌داند که این فرد کیست. اما به نظر می‌رسد که کار آقای کراب باشد. آقای کراب رئیس باب اسفنجی داستان ماست. بنابراین داستان به گونه‌ای پیش می‌رود که همه فکر می‌کنند آقای کراب متهم اصلی داستان است. از طرفی آقای کراب حاضر است بمیرد اما به ترفیعی که همیشه منتظر آن بوده و حتی در رؤیاهایش به آن فکر می‌کرده برسد. باب اسفنجی هم برای کمک به رئیسش همه کار می‌کند. دوست باب اسفنجی به نام پاتریک مأمور می‌شود که به شهر صدفی رفته و اگر می‌تواند تاج پادشاه را دوباره بازسازی کند و با این کار زندگی آقای کراب را نجات دهد و…
داستان درباره دو خواهر به نام‌های الیزا و دبی است که خیلی با هم کنار نمی‌آیند. اما زمانی که زندگی دبی در خطر می‌افتد، الیزا تمام تلاشش را می‌کند که او را نجات دهد…
"توماس" و موتورش توسط یک موتور دیزلی تهدید می‌شوند؛ به طوری که حتی مسئول این قطار شگفت‌انگیز که همیشه می‌توانسته بین دنیای قطارها و انسان‌ها سفر کند، در حال از دست دادن قدرتش است ...