Det eksisterer en superhemmelig organisasjon et sted på kloden: "MIB" - deres jobb er å rapportere, undersøke, holde orden på, og, dersom det er nødvendig, eliminere utenomjordiske vesener som bor på vår egen planet (forkledd som mennesker). UFO-vitner er ofte rystet etter møter med disse superagentene, som er ganske enkelt kjent som Men in Black. To av de svartkledde agentene heter Kay og Jay, og det er disse to som finner ut at en intergalaktisk terrorist har annkommet jorden for å myrde to ambassadører fra to stridende solsystem. Kay og Jay må trå til for å forhindre at dette skjer, før det får fatale konsekvenser for Moder Jord!

Under et rutineoppdrag oppdager Agent J (Will Smith) en djevelsk plan av det onde monsteret Serleena (Lara Flynn Boyle), som er forkledd som sexy undertøysmodell. Da Serleena tar hele MIB-bygningen som gissel, søker Agent J hjelp hos sin gamle makker, Agent K (Tommy Lee Jones), som nå arbeider på et postkontor, og har fått slettet alle minnene om sin tid som MIB. Sammen må de kjempe for å redde Jorden, galaksen og MIB fra universets skumle slyngler. Heldigvis har de med seg mye ammunisjon.

Skilpaddene hadde en erkefiende i mange år, Shredder, som de til slutt klarte å beseire. I tiden etterpå har skilpaddene vokst litt fra hverandre som familie, og deres læremester, rotten Splinter, strever med å holde dem samlet. Splinter blir bekymret når merkelige ting begynner å skje i New York, og trenger å få skilpaddene til å stå samlet for å kunne hamle opp med det som venter.