پس از آنکه خیانتکاران شرور با هم متحد می‌شوند تا شهر را ویران کنند بتمن و دسته اسکوبی دوو تیمی را تشکیل می‌دهند تا با آنها مبارزه کنند…
داستان در مورد دو لیگ قدرتمند با نام‌های لیگ عدالت و لیگ بایزارو است که هریک دارای قهرمانانی هستند. لیگ عدالت برای جلوگیری از ظلم به پا می‌خیزد که سوپرمن و بتمن و دیگر قهرمانان کمیک در آن حضور دارند.
داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می‌دهد. خبر می‌رسد شریدر توانسته از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می‌رود تا با استفاده از قابلیت‌های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...