Mikor Scooby-Doo és a banda olyan ravasz gazemberekbe ütköznek, akik még rajtuk is kifognak, a Sötét Lovag, azaz maga Batman siet a segítségükre. Miután egy megoldatlan ügy a múltjából nem hagyja nyugodni Batmant, és a titokzatos Bíbor Köpeny azzal fenyeget, hogy átveszi az uralmat Gotham City felett, a Sötét Lovag a Rejtély Rt. segítségét kéri abban, hogy felgöngyölítsék az ügyet. Vajon a csapatmunka elég lesz ahhoz, hogy megoldják a legújabb rejtélyt, és meghiúsítsák a földkerekség leggonoszabb arcainak fondorlatos tervét? Jobb lesz, ha felszereled magad denevérkütyükkel és rágcsálnivalóval, ugyanis egy elképesztően vad és izgalmas hajsza vár rád!

A történet azzal kezdődik, hogy Korea miniszterelnöke látogatást tesz a japán minszterelnöknél, ahol egy vacsora során vitába keverednek, hogy a kimcsi koreai, vagy japán eredetű étel. A koreai miniszterelnök hazaérkezve elhatározza, hogy a kimcsit megismerteti az egész világgal. E a cél szolgálatában nagyszabású kimcsikészítő versenyt rendeznek. A versenyre benevez Dzsangün, a hölgy aki a japán nagykövetség főszakácsa volt és mostohatestvére, Szungcsan, a mozgó zöldségárus is.

Miközben a Földön Superman és az Igazság Ligájának hősei teszik a dolgukat, Superman fura klónja, Bizarro is éli világát. Ő az, akinek ha mondanak valamit, az ellenkezőjét érti, mondja és teszi annak. Amikor Bizarro világát pusztulással fenyegeti Darkseid, a galaktikus zsarnok, Bizarro visszatér a Földre, és klónozza az Igazság Ligájának tagjait. Így születik meg Batzarro, Bizarra, Greenzarro és Cyzarro. Vajon az Igazság Ligájának tagjai összefognak-e a bizarr társaikkal, hogy megállítsák Darkseidot?

Miután Zúzó, a szupergonosz megszökik az őrizetből, összeáll Baxter Stockmannel, az őrült tudóssal, és két tökkelütött segéddel, Beboppal és Rocksteadyvel, hogy megvalósítsák a világuralomra törő ördögi tervet. Miközben a teknőcök Zúzóval és új csapatával küzdenek, egyszer csak szembe találják magukat egy még nagyobb gonosszal, akinek hasonlók a szándékai: a hírhedt Kranggal.