تدور الأحداث في إطار من الحركة حول اثنين من الثوار الأسطوريين، ورحلتهما بعيدا عن وطنهما قبل البدء في القتال من أجل بلدهما في فترة العشرينات بالقرن العشرين.
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
عثرت مجموعة من الجنود الأمريكيين المتمركزين في العراق في نهاية حرب الخليج على خريطة يعتقدون أنها ستأخذهم إلى مخبأ ضخم للذهب الكويتي المسروق مخبأ بالقرب من قاعدتهم ، ويشرعون في مهمة سرية تهدف إلى تغيير كل شيء.