Járvány pusztította el a Föld népességének kilencvenkilenc százalékát 1997-ben. Majd negyven évvel később a túlélőkre is pusztulás vár a föld alatti világban. Csak akkor maradhatnak életben, ha sikerül információt szerezniük a gyilkos vírusról. James Cole-ra vár a feladat, hogy az időben visszautazva, megtudja azt. A számításba azonban hiba csúszik, Cole 1996 helyett 1990-be érkezik és elmegyógyintézetbe zárják. Így pedig aligha sikerül teljesíteni a küldetését és megfejteni a 12 Majom Hadseregének rejtélyét. Csupán a pszichológus Kathryn Railly próbálja megérteni a férfit.
Jim felébred a kómából, de senkit sem talál a kórteremben. Üres a folyosó, az egész épület, üres és néma az egész város. Jim semmit sem ért, rémülten bóklászik a kihalt metropoliszban. Végül rátalál egy emberpár: túlélő, mindentől rettegő menekülők. És nemsokára találkoznak azokkal is, akik elől menekülni kell. Egykor emberek voltak, ám a gyilkos vírusnak köszönhetően már csak fékevesztett őrültek, akik ölni akarnak. Jim huszonnyolc napig feküdt a kórházban, de ez elég volt ahhoz, hogy Anglia szinte elnéptelenedjen.
Chris Redfield, a BSAA rangos tisztje Leon S. Kennedy és Prof. Rebecca Chambers segítségére szorul az Alexander Institute of Biotechnology-tól. Együtt meg kell állítaniuk egy mániákus őrültet, aki bosszúból halálos vírust akar elszabadítni New Yorkban..
Thomaséknak a labirintusból kijutva nem ért véget a megpróbáltatásaik. Többről van itt szó, mint egy játékról. A világ pusztulófélben van és az eddig ismert társadalmi rendszerek eltűntek. Az útvesztő csak egy kezdeti próba volt, és eztán már egy újabb következik, ami jóval veszélyesebb és összetettebb küzdelmeket követel meg.
Az igazi veszély nem az égből jön, az igazi katasztrófát nem elképzelt képregény-gonoszok ígérik - a baj itt él köztünk. Egy vírus mutálódik, kissé átalakul, és - hála a modern világnak - felfoghatatlan sebességgel terjed el az összes kontinensen. Egy családanya távol-keleti üzleti útjáról hazaérve rosszul lesz. Előtte egy házasságon kívüli viszony miatt valahol az USA-ban megszakította az útját. Ő az első beteg: amerre járt, a megállíthatatlan fertőzés újabb gócai alakulnak ki. Előbb csak a Távol-Keleten és az USA-ban, majd a világ egyre több pontján. A betegség gyorsan támad, és nincs ellene gyógyszer. Néhányan azonban nem adják fel a harcot: megpróbálnak gyorsabbnak lenni a láthatatlan ellenségnél, hogy akár saját életük kockáztatásával is mentsék azt, aki még menthető. Önfeláldozó orvosok küzdenek a vírussal, az üzleti érdekekkel, a lelkes amatőrökkel, az idővel. Miközben ők is ki vannak szolgáltatva a betegségnek.
A világméretű járvány következtében az emberiség nagy része kihalt. A túlélők próbálnak menedéket találni. Ha hinni lehet a kósza híreknek, a kevés fertőzésmentes helyek egyike a tengerparti kisváros. Ide igyekszik Danny az öccsével, Briannel és annak barátnőjével, Bobbyval. Negyedik társuk Kate, Danny barátja a suliból. A négy fiatal egy kihalt vidéken keresztül száguld a kocsival. Jól ismerik a szabályokat. Ne állj meg senkinek! Kerüld az autópályákat! Figyelj a fertőtlenítésre! Az útjuk során azonban számos, előre nem látott problémával kell szembenézniük.
Egy mezõgazdasági kutatócentrumnak álcázott szupertitkos laboratóriumban biológiai fegyver elõállításán dolgoznak. Egy váratlan baleset során a veszedelmes baktérium kiszabadul és szétterjed az épületben. A biztonságiak lezárják az épületet, megnehezítve a bennrekedt dolgozók küzdelmét a túlélésért. A halottnak hitt áldozatok ugyanis vérszomjas gyilkosokká válnak, egyik terembõl a másikba üldözve a többieket.
Időnként a németek is előállnak egy-egy horror mozival, de csak azért, hogy ki ne maradjanak az aktuálisan futó európai trendekből. Michi alig érkezik meg Berlinbe, hogy exét meglátogassa, szinte azonnal elszabadul a pokol!A várost elözönlik az élőhalottak...
Hét jóbarát elutazik egy Isten háta mögötti, aprócska faluba, hogy felvidítsák egyiküket, aki épp váláson megy keresztül. Megérkezvén azonban azzal szembesülnek, hogy egy vegyi anyagnak köszönhetően a falu összes férfiját lemészárolták a zombiszerű, férfigyűlölő kannibállá mutálódott nők, akik most rájuk fenik a fogukat.
Kelet-Európában egy félelmetes vírus szedi számolatlanul áldozatait. A nyugati világ a kór megakadályozására karanténba zárja az ilyen területeket. A fertőzött helyeken kis létszámú és elcsigázott rendőrök próbálják fenntartani a rendet. Ennek a rendőrségnek a tagja Delon (Natasha Henstridge) is, akinek sikerül fiát átjuttatni a világ nem fertőzött részébe. Egy titokzatos és félelmetes gyilkosról kapott bejelentés nyomán, parancsnokával (Christopher Lambert) és további két társukkal a gátlástalan elkövető után vetik magukat egy ismeretlen és elhagyatott börtönben. A terepet jól ismerő gyilkos macska-egér játékba kezd a kis létszámú rendőri alakulattal.
Az űrbéli mentőparancsnoknak egy genetikai kísérleteket folytató bolygón kell megküzdenie az elszabadult, gyilkos vírussal, amely az egyik kutatót változtatta ámokfutóvá.