Када нестане Гари, вољени љубимац Сунђер Боба, он и Патрик крећу у епску авантуру у Изгубљени Град Атлантик Ситија како би вратили Гарија кући. Док се боре са свим задовољствима и опасностима ове урнебесне спасилачке мисије, Сунђер Боб и његови другари доказаће да не постоји ништа снажније од силе пријатељства.

Судбина галаксије лежи у рукама огорчених супарника. Један од њих, Џејмс Кирк је деликвент, клинац са фарме из Ајове, који тражи узбуђење. Други је Спок, васпитаван у друштву заснованом на логици, које одбацује све емоције. И док се ватрени инстинкт сукобљава са хладним разумом, њихово неочекивано, али снажно партнерство је једина ствар способна да поведе њихову посаду кроз незамисливу опасност, смело крећући тамо где нико раније није био! Прича бележи ране дане Џејмса Кирка и његових чланова посаде на свемирском броду Ентерпрајз, током њиховог периода на Академији Звездане флоте, са авантурама које се протежу од Земље до планете Вулкан.

Заплет филма заснован је на еколошкој катастрофи коју је изазвао Хомер Симпсон неодговорним бацањем отпада у спрингфилдско језеро. Спрингфилд је и иначе најзагађенија средина у земљи, а Хомеров чин је кап која прелива чашу па председник Шварценегер, по наговору директора ЕПА ( Агенција за заштиту околине), доноси одлуку да цео град стави у карантин (под куполу) и тиме спречи проширење загађења на целу земљу.