광산촌 슬랙 계곡의 기계 견습공인 고아 소년 파즈는 어느날 빛이 나는 목걸이를 한 채 하늘에서 떨어지던 소녀시타를 구해준다. 소녀는 대대로 전해져 오던 목걸이(비행석)로 인해 정부군과 해적 도라 일당들에게 쫓기고 있던 신세. 시타가 이들로부터 무사히 도망갈 수 있게 도와주던 중 파즈는 비행석과 하늘에 떠 있는 성 라퓨타가 실제로 존재한다는 사실을 알게 된다. 라퓨타의 존재를 믿고 있던 파즈는 시타와 함께 라퓨타를 찾기로 결심한다. 하지만 파즈와 시타는 그들을 쫓던 군대에게 잡히고, 시타는 정부 비밀 조사관인 무스카에게 파즈를 풀어주는 조건으로 협력을 약속하는데...

지구의 뉴욕. 한 보물을 훔쳐내기 위해 고대 화성미술관에 숨어든 코브라. 같은 시각, 집시 독이 이끄는 해적 길드의 일군이 뉴욕을 침공해온다. 그들의 노림수는 화석충을 연구하는 아름다운 연구자 유토피아 모아 박사와 화석충의 표본. 우연히 유토피아 박사를 해적에게서 구해낸 코브라는 해적들의 표적이 되는데...

행복하고 아름다운 웬디의 집. 그곳엔 상냥한 어머니와 듬직한 아버지, 귀여운 동생 존과 마이클, 그리고 온순한 개 나나가 살고 있다. 별이 밝게 빛나던 어느날 밤, 어머니와 아버지가 파티에 간 사이 웬디의 집에 꿈의 섬에서 고아들과 함께 살고 있다는 피터팬이 찾아온다. 피터팬은 얼마 전 웬디의 방 창문을 기웃거리다가 나나에게 빼앗긴 그림자를 찾으러 온 것이었다. 남몰래 숨어들어 그림자를 찾아내려 했지만, 요리조리 도망치는 그림자를 잡으려다 오히려 웬디에게 들키고 만다. 피터팬의 그림자를 꿰매어준 인연으로 피터와 웬디, 존, 그리고 마이클 모두는 부푼 가슴을 안고 꿈의 섬을 향해 날아가게 된다.

오직 목소리 하나로 전 세계를 사로잡은 디바 ‘우타’. 그녀가 모습을 드러내는 첫 라이브 콘서트가 음악의 섬 ‘엘레지아’에서 열리고 ‘루피’가 이끄는 밀짚모자 해적단과 함께 수많은 ‘우타’ 팬들로 공연장은 가득 찬다. 그리고 이 콘서트를 둘러싼 해적들과 해군들의 수상한 움직임이 시작되는데… 드디어 전세계가 애타게 기다리던 ‘우타’의 등장과 함께 노래가 울려 퍼지고, 그녀가 ‘샹크스의 딸’이라는 충격적인 사실이 드러난다. ‘루피’, ‘우타’, ‘샹크스’, 세 사람의 과거가 그녀의 노랫소리와 함께 밝혀진다! 여기에서

한 외눈박이 해적 선장이 외눈박이 선원들을 모집해서 몇 차례에 걸쳐 보물을 찾으러 간다.

여관 "애드미런 벤보우" 의 '짐 홉킨스' 는 자기 여관에 투숙하고 있던 "바다코끼리 호" 의 부선장 '빌리 본즈' 가 죽은 뒤 종이에 싼 유물을 입수한다. 의사 '리브지' 와 '토레로니' 는 그것이 보물지도임을 알고 보물을 찾으러 떠나기로 한다. "히스파니오라호" 의 선장 '스몰렛' 선장과 승무원과 함께 떠나기로 하면서 이들의 여행은 시작된다. 그 중 '짐' 은 '존 실버' 에게 유달리 강한 매력을 가지면서 친해지게 된다. 그러던 어느날... 실버가 배의 다른 승무원들과 음모를 꾸미고 있는 것을 목격하게 되고 존 실버가 "바다코끼리 호" 의 선원이었음을 알게 되는데...

꼬마잠수함 올리와 베스는 어느 날 무지개 해적 선장의 증손자라고 떠들고 다니는 해달 밥시를 만나 함께 보물을 찾기 위한 모험을 떠나게 된다. 하지만, 무시무시한 바다 악당 샤크스킨 일당 역시 소문을 듣고 세 친구의 뒤를 쫓기 시작하는데… 전설 속의 무지개 해적단을 만나는데 성공하지만 샤크스킨의 함정에 빠져 차가운 얼음 속에 갇혀버린 올리와 친구들. 그들은 과연 무사히 위험에서 벗어나 보물을 찾을 수 있을까?