Cīņā starp Misteru Krabi un Planktonu pazūd slepenā recepte, un viss sāk ritēt pazudinošas apokalipses virzienā. Visi tic, ka tieši Sūklis Bobs un Planktons ir nozaguši šo formulu. Sūklis Bobs un viņa līdzšinējais ienaidnieks Planktons apvieno spēkus, lai radītu laika mašīnu un dotos uz pagātni, kad slepenā recepte vēl nebija nozagta.
Jautrību mīlošā un jaunā princese Alise ir spiesta trenēties būt perfektai, lai kļūtu patiesi karaliska. Tomēr patiesībā viss, ko viņa vēlas, ir kļūt par pirātu. Viņa ar Lordu Rodžersu, vardi Žanu-Bobu un bruņurupuci Spīdu paceļ buras, lai dotos pārdrošā jūras braucienā. Kad kuģa avārija komandai liek izglābties uz vientuļas un noslēpumainas salas, draugi liek galvas kopā, lai izbēgtu no izsalkušajiem salas iemītniekiem.