마법을 사용할 순 없지만 용맹한 소년은 마법제가 되기 위해 애쓴다. 그러던 어느 날, 봉인되었던 네 명의 역대 마법제가 클로버 왕국을 섬멸하기 위해 다시 모습을 드러낸다.

10대 소년 빌리 뱃슨은 어릴 적 엄마와 헤어진 뒤 위탁 가정을 떠돌고 있다. 한편 어둠의 존재를 봉인 중인 마법사는 자신의 뒤를 이를 후계자를 찾고 있다. 어린 시절 순수하지 못하다는 이유로 마법사에게 거부당한 시바나는 오랜 시간 숨겨진 장소를 찾던 끝에 영원의 바위에 도착하여 7개의 대죄를 해방시키고 어둠의 힘을 얻는다. 이에 마법사는 빌리를 후계자로 정하고 샤잠의 힘을 전수한다. 슈퍼 파워를 얻게 된 빌리는 자신의 능력을 깨닫고 악당을 물리치는 슈퍼히어로로 다시 태어나는데...

마법 세계와 비마법 세계의 공존을 깨려고 했던 강력한 어둠의 마법사 겔러트 그린델왈드는 뉴트 스캐맨더와 미국 마법부 의회에 의해 붙잡혔지만, 유럽으로 이송하는 과정에서 탈출하고 만다. 그린델왈드의 탈출 목적은 프랑스 파리에 머무는 것으로 추정되는 크레덴스를 포섭해 자신의 수하로 삼는 것. 영국으로 돌아왔던 뉴트는 덤블도어 교수로부터 자신은 나설 수 없으니 그린델왈드에 맞서달라는 지령을 받고 역시 파리로 향한다. 뉴트의 친구들, 제이콥과 퀴니, 그리고 오러로 복귀한 티나도 순혈 마법사의 세력을 모아 마법을 사용하지 않는 사람들을 지배하려는 그린델왈드의 야욕을 막기 위해 파리로 향하는데...

1930년대, 제2차 세계대전에 마법사들이 개입하게 되면서 강력한 어둠의 마법사 그린델왈드의 힘이 급속도로 커진다. 덤블도어는 뉴트 스캐맨더에게 위대한 마법사 가문 후손, 마법학교의 유능한 교사, 머글 등으로 이루어진 팀에게 임무를 맡긴다. 이에 뉴트와 친구들은 머글과의 전쟁을 선포한 그린델왈드와 추종자들, 그의 위험한 신비한 동물들에 맞서 세상을 구할 거대한 전쟁에 나선다. 한편 전쟁의 위기가 최고조로 달한 상황 속에서 덤블도어는 더 이상 방관자로 머물 수 없는 순간을 맞이하고, 서서히 숨겨진 비밀이 드러나는데...

서쪽 바다 끝에 살고 있던 용이 갑자기 인간 세계에 모습을 드러낸 이후 곳곳에서 작물이 죽어가고 가옥이 쓰러져 가고, 마법사들이 마법을 잃어버리는 기이한 일이 연이어 발생하기 시작한다. 한편 왕자의 신분과 나라를 버리고 여행을 하던 아렌은 악의 근원을 찾아 여행 중이던 대현자 하이타카(게드)와 우연히 만나게 되고, 이들은 함께 모험을 떠나게 된다. 그들은 사건의 실마리가 될 마을인 호트타운에 이르게 된다. 그곳은 인신매매가 행해지고, 모조품만이 거래되며, 마약을 일삼는 어둠의 마을. 거리를 돌아다니던 아렌은 위험에 처한 묘령의 소녀 테루를 도와주게 되는데...

서로 다른 차원에 살고 있던 인간과 오크. 오크의 행성이 황폐해지기 시작하자, 이들은 인간의 행성으로 넘어와 새로운 왕국을 건설하려 한다. 생존을 위해 서로의 도움이 필요하다고 믿는 인간 종족의 영웅 ‘로서’와 오크 종족의 영웅 ‘듀로탄’. 하지만, 공존에 반대하는 또 다른 세력이 분열되면서 두 진영은 더 큰 혼란에 빠지게 되는데… 세상의 운명을 건 피할 수 없는 전쟁이 시작된다!

하찮은 서커스 마술사인 오스카는 어느날 회오리 바람에 휩쓸려 신비한 세계 오즈에 도착하고, 오즈의 사람들은 그가 오랫동안 기다려 온 위대한 마법사라고 믿는다. 하지만, 오즈의 세 마녀 글린다, 테오도라, 에바노라는 그의 정체를 의심하고, 오스카 또한 세 마녀 중 누가 나쁜 마녀인지를 가려내야만 하는데...