Marty e Doc viajam até ao ano 2015 para resolver, aparentemente, alguns problemas com a futura família McFly. Mas quando regressam a casa, depressa se apercebem de que alguém andou a «brincar» com o tempo e produziu enormes estragos na pacata Hill Valley, em 1985. Agora a única esperança é regressar a 1955 para conseguirem salvar o futuro!
Era uma vez um simpático inventor que criou um jovem encantador chamado Eduardo. Mas o inventor morreu antes de terminar o Eduardo, que tinha tesouras de metal afiadas como mãos. O Eduardo ficou triste e sozinho, até que uma gentil vendedora da Avon convidou-o para morar com a família dela na fantástica terra de Suburbia.
A U.S.S. Enterprise está em manobras de treino e o Almirante James T. Kirk parece resignado com o facto de esta poder ser a sua última missão. Contudo, um incidente na Estação Espacial Regula One revela o regresso de Khan, um velho inimigo de Kirk, disposto a destruir a Terra para se vingar.
Estamos no século XXIII, e um misterioso poder extraterrestre ameaça a Terra. Numa frenética tentativa para salvar a humanidade, Kirk e a sua tripulação terão de viajar para trás no tempo para o ano de 1986 em São Francisco, onde encontram um mundo de punks, pizza e loucas alterações que são tão extraterrestres como tudo o que encontraram ao longo das suas viagens pela galáxia.
Quando vários navios são abalroados e afundados por um misterioso monstro marinho nas águas do Pacífico, um professor de biologia marinha francês é convidado pelo governo americano a integrar a tripulação de um navio que irá tentar caçá-lo. Mas o que ninguém sabe é que o monstro é um submarino com um misterioso capitão, senhor de um notável saber que não está disposto a partilhar.
Khan foi derrotado mas Spock morreu e McCoy parece ter herdado a sua essência viva. Kirk tenta ajudá-los, desafiando a Federação e partindo numa viagem não-autorizada, com o objectivo de devolver a vida ao seu melhor amigo. Mas os Klingons estão à espreita...
É a data estrelar 8454.130 e um Capitão Kirk em férias enfrenta dois desafios: escalar o El Capitan da cordilheira Yosemite e ensinar canções de escuteiros a Spock. Mas as férias são rapidamente interrompidas quando um Vulcano renegado rapta a Enterprise, e parte numa viagem à descoberta dos maiores segredos do universo.