Um garoto chamado Kotarou está sendo perseguido por uma guarda chinesa misteriosa, e foge acompanhado de seu cão Tobimaru. Kotarou segue sozinho em seu caminho até se encontrar com o espadachim Nanashi num mosteiro abandonado. Um tanto para se redimir de um passado terrível, Nanashi acaba por acompanhar Kotarou na sua viagem, protegendo-o.

Na Inglaterra dos anos 30, uma jovem estudante, Iris Henderson, sai do interior para ir a Londres e durante a viagem conhece uma simpática velhinha, Mrs. Froy, que desaparece misteriosamente com o comboio em movimento. A história toda gira em torno da procura incessante pela senhora, que aparentemente todos os passageiros negam a existência. Suspeitando de algo grave, Iris insiste em procurá-la, mas não é levada a sério e é até ridicularizada.

Quando Tom Bishop, um agente da CIA, é preso em solo chinês e acusado de espionagem, o governo norte-americano, a braços com uma negociação comercial com a China, prefere não se envolver. A única esperança de Bishop é o o seu antigo tutor, Nathan Muir, que lhe ensinou tudo mas que está à beira da reforma.

Hamburgo, 22 de novembro de 1963. Peter Miller (Jon Voight) é um repórter que pára seu carro para ouvir notícias sobre o atentado em Dallas, que matou o presidente Kennedy. O simples fato de parar alguns segundos no meio-fio foram o ponto de partida para Miller alterar totalmente sua vida, ao descobrir que Solomon Tauber (Towje Kleiner), um velho judeu, cometera suicídio. Karl Braun (Gunnar Möller), o delegado encarregado do caso, disse que ali não havia história alguma para ser contada, mas pouco tempo depois o mesmo delegado entregou para Miller vários manuscritos de Tauber, que foram encontrados ao lado do seu corpo. Tauber relatou que todos os amigos tinham sido mortos.

O superespião Orson Fortune deve encontrar e parar a venda de uma nova tecnologia de armas usada pelo mediador de armas bilionário Greg Simmonds. Relutantemente, Fortune tem de se juntar aos melhor operativos do mundo, conseguindo recrutar ainda Danny Francesco, a maior estrela de cinema de Hollywood, para os ajudar na missão internacional de salvar o mundo.

Rachel é uma mulher ocidental no centro de uma teia de espionagem internacional, envolvendo o Irão, Israel e a Alemanha. Contratada pela Mossad como agente infiltrada em Teerão, Rachel assume o disfarce de uma professora de inglês para crianças de famílias locais influentes e traça o plano da sua missão secreta: aceder aos registos de uma empresa de produtos eletrónicos e usar este registo para intermediar a venda de componentes nucleares defeituosos aos Serviços Secretos Iranianos. Mas quando a sua missão se torna mais perigosa, ela decide desistir, forçando o seu chefe a encontrá-la antes que ela se torne uma ameaça para Israel.

Oakes e Kevin Pope são dois agentes de alto nivel da CIA que trabalham há muito tempo para interceptar uma arma nuclear guardada numa mala que caiu nas mãos erradas. Oakes e Pope são muito próximos, e é por isso que o primeiro fica realmente afetado quando seu parceiro é assassinado nove dias antes da venda da arma. Para que a missão não vá para o lixo, a CIA decide encontrar Jake, irmão gêmeo de Kevin.

Uma das aeronaves táticas mais modernas das forças armadas norte-americanas com sistemas de orientação à laser sofre um acidente e cai perto do mar em Malta, região onde as forças soviéticas são muito fortes. Imediatamente, a CIA manda o melhor agente, Ken Tami (Shô Kosugi), para resgatar o sistema antes que ele pare nas mãos erradas.

A oitava parcela da franquia Missão: Impossível.