Após uma explosão, a polícia conta 27 corpos e há apenas duas testemunhas: um húngaro em estado crítico e um conhecido ladrão, portador de um defeito físico, que testemunhou o ocorrido no cais e saiu completamente ileso. Quando os dois dão os seus depoimentos, fica clara a participação de Keyser Soze, um húngaro misterioso e impiedoso, como o homem que foi o mentor intelectual de um golpe contra um grupo de traficantes de drogas da Argentina. O prémio pelos sobreviventes que desapareceram foi estipulado em 91 milhões de dólares e o delegado encarregado das investigações acha que falta algo no caso para que seja possível saber quem é Keyser Soze.
Quando um assassino ataca a elite de Gotham com uma série de máquinas sádicas, um rasto de pistas misteriosas e obscuras levam o Maior Detetive do Mundo a investigar o submundo, onde encontra personagens como Selina Kyle/Catwoman, Oswald Cobblepot/The Penguin, Carmine Falcone, e Edward Nashton/The Riddler. À medida que as provas o encaminham para mais perto de casa e a grandeza do plano do vilão se torna mais clara, Batman tem de forjar novas relações, desmascarar o culpado, e trazer justiça ao abuso de poder e à corrupção que há muito assolam a Cidade de Gotham.
A história é centrada numa guerra de gangues do colégio Suzuran Boys’ High – uma instituição que contém a maior concentração de rapazes violentos por metro quadrado do Japão. O colégio acabou ficando conhecido pela alcunha de Escola para Corvos, pois, no Japão, os pássaros são tão comuns – às vezes incômodos – quanto os pombos em algumas capitais brasileiras. Para passar o tempo, a molecada adora sair na porrada. E para saber quem é o maioral da escola, os rivais Genji e Tamao vão entrar em guerra até que sobre apenas um em pé.