Egy bűvös vízvárosában Ash, Pikachu és a banda szembeszállnak azokkal a tolvajokkal, akik el akarnak lopni egy veszélyes ékszert. Ahhoz, hogy megóvhassák a várost a teljes lerombolástól, hőseinknek le kell győzniük a gonosz testvérpárt mielőtt az idő lejár.

Ash, és barátai a Johto vidék egy újabb részének, a felfedezésére készülnek, ám lekésik a buszt, így az ott élő Pokémon kutató lányhoz, Lunához fordulnak segítségért. Mewtwo és a többi klón Pokémon egy eldugott fennsíkon élnek magányosan és számkivetten, de békében, távol az emberektől. Giovanni, Mewtwo alkotója, és legnagyobb ellensége, az egyetlen ember akinek memóriájából nem törlődött ki Mew és a klón Mewtwo csatájának emléke, nem nyugszik, amíg vissza nem szerzi szuperklónját. Emberei és a Rakéta Csapat tagjai felfedik a klónok rejtekhelyét…

A legendás vadnyugaton járunk. A rettegett Billy, a Kölyök és bandája lerohanja Deliverance aprócska városát, túszul ejtik a helyiek gyermekeit és beássák magukat, amíg elkészül a vasútállomás. Mert ők bizony pokolból szalajtott fenevadak, az éjszaka gyermekei... vámpírok, a nagy terv pedig az, hogy Deliverance-ből kiindulva hódítják meg a világot.