Généticien de génie, le professeur John Hammond a recréé de nombreuses espèces de dinosaures à partir d'une goutte de sang prélevée sur un moustique fossilisé. Démiurge naïf et généreux, dépassé par ses propres ambitions, il projette d’ouvrir un gigantesque et terrifiant parc d'attractions. Mais la pureté de son rêve se heurte à la cupidité des hommes et, plus grave, à la violence latente, indomptable de la Nature.
À une époque où les monstres parcourent la Terre, et alors que l’humanité lutte pour son avenir, Godzilla et King Kong, les deux forces les plus puissantes de la nature, entrent en collision dans une bataille spectaculaire inédite. Alors que Monarch se lance dans une mission périlleuse en terrain inconnu, et qu’il découvre des indices sur les origines des Titans, un complot humain menace d’éradiquer ces créatures – qu’elles soient bonnes ou mauvaises – de la surface de la planète.
Figurante sans travail, la blonde Ann Darrow est engagée par le réalisateur Carl Denham pour être la vedette de son prochain film. Le Venture, le navire commandé par le capitaine Englehorn et qui comprend toute l'équipe, atteint Skull Island, une île mystérieuse où vivrait une créature légendaire vénérée par les indigènes et appelée King Kong.Durant le voyage, Ann tombe amoureuse de John Driscoll, le second du bateau. Une fois débarqués, les explorateurs sont aussitôt repérés par les indigènes et font marche arrière. Mais ces derniers enlèvent Ann, la "femme aux cheveux d'or", et l'attachent pour l'offrir en sacrifice à King Kong.Au moment où ses compagnons arrivent pour la délivrer, un singe gigantesque saisit la jeune fille et disparaît dans la forêt. Denham et ses hommes se lancent alors à la poursuite de King Kong.
Une série de naufrages inexpliqués défraie la chronique japonaise. Au même moment, à la suite de plusieurs pêches infructueuses, les insulaires de l'île Odo organisent une cérémonie pour apaiser la colère de "Gojira", un dragon marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Mais la nuit venue, quelque chose débarque sur l'île dans une tempête et piétine le village. Le lendemain, le professeur Kyohei Yamane examine le sol et découvre des traces de radioactivité ainsi qu'un trilobite. Un gigantesque monstre reptilien apparaît bientôt aux yeux de tous, avant de s'enfoncer dans la mer.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance. Parallèlement, les pêcheurs de la baie de Yokohama ramènent un œuf géant et mystérieux qui est aussitôt acheté par Toharata, un homme d'affaires véreux. Malgré les recommandations du professeur Miura, inquiets de ce qui se cache dans l'œuf, Toharata décide d'en faire une attraction particulièrement lucrative pour les touristes et les curieux. À leur grande stupéfaction, de petites fées apparaissent pour reprendre l'œuf aux humains. Les « Aelinas », comme elles se nomment, sont décidés à récupérer ce qui appartient à leur déesse, la phalène géante Mothra.
Carl Denham, un cinéaste en quête de notoriété, prépare un tournage dans les mers du Sud. Il embarque avec toute son équipe à bord du «Venture». Bien que les acteurs soient persuadés de tourner un film d'amour et d'aventures, le réalisateur espère secrètement que le voyage les conduira à Skull Island (l'île du Crâne), une terre inexplorée où, dit-on, les indigènes adorent une créature mystérieuse et terrifiante. Les foules, pense-t-il, se presseront pour découvrir les images qu'il rapportera de son voyage. Ann Darrow, artiste de music-hall au chômage, a été embauchée au dernier moment pour pallier la défection de l'actrice principale.
Version japonaise.Tako, directeur de la publicité de Pacific Pharmaceuticals, est frustré par les faibles cotes d'écoute de leur programme télévisé sponsorisé. Cherchant une approche plus sensationnaliste, il ordonne à son personnel de se rendre sur l'île de Faro, capturant Kong pour l'utiliser comme un outil de marketing. Alors que Godzilla réémerge, une frénésie médiatique se produit avec Tako qui cherche à capitaliser sur le match de lutte ultime.
Le Muséum d'Histoire Naturelle renferme dans ses murs un secret mystérieux et stupéfiant que Larry, nouveau gardien de sécurité, ne va pas tarder à découvrir avec affolement : la nuit, toutes les expositions prennent vie ! Sous ses yeux, les soldats romains et les cow-boys miniatures se lancent dans une guerre acharnée, Attila et ses Huns commencent à piller les expositions avoisinantes, la momie tente de sortir de son sarcophage, le squelette du redoutable – mais néanmoins attachant – tyrannosaure rôde dans les couloirs... Le chaos est total ! Larry pourra-t-il remettre de l'ordre dans ses collections et sauver le musée ?
Quatre ans après le terrible fiasco de son Jurassic Park, le milliardaire John Hammond rappelle le Dr Ian Malcolm pour l'informer de son nouveau projet. Sur une île déserte, voisine du parc, vivent en liberté des centaines de dinosaures de toutes tailles et de toutes espèces. Ce sont des descendants des animaux clonés en laboratoire. D'abord réticent, Ian se décide à rejoindre le docteur quand il apprend que sa fiancée fait partie de l'expédition scientifique. Il ignore qu'une autre expédition qui n'a pas les mêmes buts est également en route.
Huit ans après la débâcle d'Ingen, le célèbre paléontologue Alan Grant peine à trouver les fonds nécessaires pour financer ses recherches sur les dinosaures. Paul Kirby et sa femme Amanda, se disent prêts à financer ses travaux à condition qu'il les accompagne dans leur tournée aérienne au-dessus du nouveau site d'Ingen : Isla Sorna. Grant flaire l'entourloupe lorsque l'avion amorce sa descente sur l'île. C'est au cours d'un accident avec une créature géante qu'il réalise alors que les Kirby sont en fait ici pour retrouver leur fils de 14 ans, Eric disparu depuis quelques jours dans cette jungle peuplée de dinosaures.
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Les scientifiques de Gereco Corporation découvrent un gigantesque crocodile fossilisé et en extraient une hormone spécifique qu'ils expérimentent sur plusieurs espèces animales. Mais l'expérience s'avère concluante, au point que l'une des créatures parvient à s'échapper et à semer la terreur.
Le comte Frankenstein poursuit des recherches scientifiques dans son vieux château. Il a découvert un homme préhistorique et fait des expériences sur lui. Il est aidé par sa compagnie de monstres, tous plus hideux les uns que les autres : Genz, Hans, Ook et Igor. alors que les villageois tentent de convaincre les forces de police d'investir le château, Maria, la fille du comte, vient lui rendre visite, accompagnée de son fiancé Eric, et de son amie, la belle Krista.
Une famille en vacances dans le désert, est capturée par une secte. Ils vont essayer de s'enfuir pour échapper à la mort...