Kong ja sen suojelijat lähtevät vaaralliselle matkalle löytääkseen Kongin oikean kodin. Heidän mukanaan on nuori orpotyttö Jia, jonka kanssa Kong on muodostanut vahvan ja ainutlaatuisen yhteyden. Matkan varrella he yllättäen kohtaavat kuitenkin hurjistuneen Godzillan, joka kylvää tuhoa ympäri planeettaa. Titaanien taistelu — joka saa alkunsa odottamattomalta taholta — on vasta alkua mysteerille, joka lymyää syvällä maapallon ytimessä.

1930-luvulle sijoittuva elokuva kertoo ryhmästä tutkimusmatkailijoita ja dokumentaristeja, jotka matkustavat Sumatran lähelle salaperäiselle Pääkallo-saarelle tutkimaan jättimäisen Kong-gorillan legendaa. Perille päästyään he huomaavat, että King Kong on todellinen olento, joka elää valtavassa viidakossa. Seurueen etsiessä suurta apinaa, he joutuvat taistelemaan sekä Kongia että Kongin vihollisia dinosauruksia vastaan. Kongin huomion kiinnittyessä kauniiseen naiseen (Naomi Watts), se rauhoittuu ja joutuu vangiksi. Seurue kuljettaa Kongin New Yorkiin, missä sen ankea tulevaisuus on olla ihmisten tuijoteltavana... Mutta kuinka kauan ihmisen vallan kahleet pystyvät pitämään otteessaan jättiläisapinaa?