Schindlerin lista kertoo saksalaisesta yrittäjästä, Oskar Schindleristä, joka pelasti yli tuhannen puolanjuutalaisen hengen holokaustissa toisen maailmansodan aikana. Elokuvan nimi viittaa listaan, jossa oli niiden juutalaisten nimet, jotka Schindler otti töihin tehtaaseensa.

Syksy 1941. 43 nuorta saksalaista merimiestä astuu sukellusveneeseen U-96 ja lähtee sotaan Englantia vastaan. Johtajana heillä on vasta 30-vuotias kapteeni. Sodan aikana nuorukaisista kehittyy verenhimoisia saalistajia, jotka pystyvät häikäilemättä tuhoamaan tuhansittain merimiehiä. Ennen pitkää he huomaavat olevansa myös saaliita, vankeina teräsarkussa syvällä merenpinnan alla.