Años después de los incidentes, Nancy se ha convertido en una psiquiatra especializado en terapia del sueño, pero Freddy también sigue en activo, y comienza a parecerse en los sueños de varios de los pacientes. Nancy los reúne a todos en busca de una forma de parar al monstruo.
Los Ángeles. En una noche de luna llena, algo que surge de entre las tinieblas hace que los hermanos Ellie (Ricci) y Jimmy Myers (Jesse Eisenberg) caigan por un barranco. Aunque logran salvar la vida, ya no volverán a ser los mismos. De repente, descubren que poseen una fuerza sobrehumana, que sus sentidos se han potenciado al máximo, que ejercen una irresistible atracción sobre los demás y que experimentan nuevos impulsos. Desde ese momento, tendrán que luchar contra algo que parece incontrolable: su insaciable apetito en las noches de luna llena.
Las pesadillas se vuelven realidad cuando un maníaco y propietario de una tienda de juguetes, Conal Cochran, empieza a fabricar unas máscaras que convierten las almas y los cuerpos de los niños en seres diabólicos.
Cuando el astronauta Patrick Ross regresa del primer viaje tripulado a Marte, una misión de la que sus tripulantes volvieron a la Tierra convertidos en héroes, descubre que allí fue infectado con el ADN de una especie alienígena.
Hace 15 años, el payaso Edwin fue al rancho Bonzo, para hacer disfrutar a los niños que pasaban alli el verano. Pero lo que pasó, es que nadie se reía de sus chistes y se burlaban de él, y por venganza decidió masacrar a todos los que allí se encontraban. Ahora la leyenda se ha hecho realidad, y el payaso Edwin ha vuelto para seguir su particular venganza.