Vaatajateni jõuavad taas maailma ühed kõige tuntumad mänguasjad, kauboi Woody ning kartmatu kosmoseavastaja Buzz Valgusaasta. Kuna nende peremehest Andyst on saamas tudeng, on lelude tulevik täis ootamatusi, kui nad maanduvad lastesõimes, kus põnnid ei jõua ära oodata, et saaks oma pisikesed kleepuvad näpud “uute” mänguasjade külge. See on täielik kaos, ent meie kangelased püüavad siiski kokku jääda, sest nad on alati tegutsenud vastavalt põhimõttele “ühtegi lelu maha ei jäeta”.

Mesinädalatelt naasnud Shrek ja Fiona saavad Fiona vanematelt, Kauge Kauge Kuningalt ja Kuningannalt, küllakutse tähistamaks tütre abielu. Kohalejõudes näevad aga Fiona vanemad, et nende väimees pole kaugeltki see, keda nad oleks oodanud…

Kui oled alistanud kurja lohe, vabastanud kauni printsessi ja päästnud oma äia-ämma kuningriigi, siis mida üks sookoll peaks edasi tegema? Shrekist on saanud talle endalegi ootamatult kodustatud pereisa. Selle asemel, et hirmutada külarahvast nagu ennevanasti, jagab ta nüüd hangudele autogramme. Ja mis on saanud Shreki metsikust möirgest? Unistades päevadest, mil ta tundis end “tõelise sookollina”, kirjutab Shrek alla lepingule Ruuben Tirtsuga. Korraga leiab ta end mingis pea peale pööratud maailmas, kus sookollidele peetakse jahti, Ruuben Tirts on kuningas ning Shrek ja Fiona pole kunagi kohtunudki. Nüüd peab Shrek ise enda suure eksisammu heastama, sest vaid nii on tal lootust päästa oma sõbrad, muuta maailm endiseks ning võita tagasi oma tõeline armastus.

Fionaga abielludes polnud Shrekil aimugi, et seetõttu peab ta ühel päeval võibolla kuningaks hakkama. Kui Shreki äiapapa, kuningas Harold korraga lahkub, ootab teda just see au. Välja arvatud juhul, kui Shrek (koos oma ustavate kaaslaste Eesli ja Saabastega Kassiga) leiaks enda asemele sobiva kuninga. Kõige lubavam kandidaat oleks Fiona nõbu Artie, keskkoolis õppiv ebakuninglik hädavares, kellest väärilise troonipärija kasvatamine näib olevat üks raskemaid ülesandeid, millega Shrek ja sõbrad eales silmitsi seisnud on.