2024, Δέκα χρόνια μετά τα γεγονότα του «X-Men: Ημέρες ενός Ξεχασμένου Μέλλοντος», ο Λόγκαν έχει υποσχεθεί να αφήσει πίσω του το βίαιο παρελθόν του, ενώ οι δυνάμεις του, που του επέτρεπαν να θεραπεύεται με ιλιγγιώδεις ρυθμούς, έχουν ατονήσει. Αυτό θα αλλάξει όταν μία σατανική οργάνωση, υπό την ηγεσία του Ναθάνιελ Έσεξ, προσπαθεί να χρησιμοποιήσει τους εναπομείναντες μεταλλαγμένους στον κόσμο, μετατρέποντάς τους σε όπλα. Ο Λόγκαν θα χρειαστεί να απελευθερώσει τον Γουλβερίν για να αποτρέψει τα σχέδιά τους, με τη βοήθεια ενός νεαρού κοριτσιού που είναι κλώνος του.
Ο Μπάτμαν μαθαίνει για το θάνατο του Ρας Αλ Γκουλ, του ανθρώπου που τον εκπαίδευσε, μετά την επίσκεψη της κόρης του, Ταλία, στο Γκόθαμ Σίτι. Το σημαντικότερο, όμως, νέο για τον Μπάτμαν είναι η ύπαρξη ενός δεκάχρονου, βίαιου και δύστροπου αγοριού, του οποίου πατέρας φαίνεται να είναι ο ίδιος και τώρα πρέπει να το προστατέψει από τον άνθρωπο που σκότωσε τον Ρας Αλ Γκουλ.
Ο Λεξ Λούθορ εκλέγεται Πρόεδρος των ΗΠΑ(!) και κάνει ότι μπορεί για να στρέψει την κοινή γνώμη εναντίον του Σούπερμαν και του Μπάτμαν. Οι δύο υπερήρωες όμως δεν καταθέτουν τα όπλα και αντιστέκονται στο νέο καθεστώς και στα τεχνάσματα του Λούθορ, που κάνει ότι μπορεί για να εξαφανίσει από τον χάρτη τους δύο υπερήρωες...
Η ταινία μας μεταφέρει σε έναν σκοτεινό και εξωπραγματικό κόσμο φαντασίας, στον οποίο οι άνθρωποι κάνουν ό,τι περνά από το χέρι τους για να κατακτήσουν το διάστημα και να ανακαλύψουν νέους κόσμους. Αδίστακτοι στρατιωτικοί, ωστόσο, κάνουν ό,τι περνά από το χέρι τους για να χρησιμοποιήσουν το διαστημικό πρόγραμμα για τα σχέδιά τους για την παγκόσμια κατάκτηση. Η αντίστροφη μέτρηση για να ανάψει μια φωτιά που θυμίζει πόλεμο, έχει ξεκινήσει...
Ένας ανατρεπτικός συγγραφέας δέχεται επίθεση στο διαμέρισμά του και ενώ χτυπιέται πολύ άσχημα κρατιέται στη ζωή συνδεδεμένος με μηχανήματα στο νοσοκομείο. Ένας Γάλλος επιθεωρητής αναλαμβάνει την υπόθεση, αλλά όσο μπαίνει πιο βαθιά αρχίζει να υποψιάζεται ότι κάτι τρομακτικό κρύβεται πίσω από την θέληση του συγγραφέα να κρατηθεί στη ζωή.
Μια μασκοφόρος κακοποιός, που αυτοαποκαλείται Μπατγούμαν, κάνει την εμφάνισή της στη Γκόθαμ Σίτι, προσπαθώντας να ματαιώσει τα διαβολικά σχέδια του Πιγκουίνου. Ο Μπάτμαν αποφασίζει να μάθει την πραγματική ταυτότητά της. Όταν η Μπατγούμαν πέφτει στην παγίδα του αδίστακτου Μπέιν, ο Μπάτμαν αναλαμβάνει να την σώσει, να νικήσει τον Μπέιν και τελικά να αντιμετωπίσει ο ίδιος τον Πιγκουίνο.
Ο πλανήτης Ετέρνια βρίσκεται στα ερείπια μετά τον πόλεμο του Σκέλετον στο κάστρο Γκρέισκαλ, έναν πόλεμο που ο Σκέλετον κέρδισε με τη βοήθεια του κοσμικού κλειδιού. Η μάχη αυτή θα μεταφερθεί στη Γη, όπου ο Χι-Μαν, οι υπόλοιποι σούπερ-ήρωες και δύο νεαροί γήινοι προσπαθούν να βρουν το κλειδί για να επιστρέψουν στην Ετέρνια. Ο Σκέλετον, όμως, μαθαίνει το πού είναι.
Ο Στου Μίλερ, ο καρτουνίστας δημιουργός του Monkeybone, πέφτει σε κώμα και βρίσκεται μέσα στον κόσμο του πίθηκου ήρωα του. Θέλοντας να βρει δρόμο επιστροφής, πρέπει να τα βρει με τον Monkeybone, κάτι το ιδιαίτερα δύσκολο. Στην απελπισία του, είναι έτοιμος να κάνει συμφωνία με τον θεό του ύπνου.
Στη σύντομη περίοδο ειρήνης μετά από έναν τρομερό πόλεμο σε μια μακρινή μελλοντική Γη, μια στρατιωτική ακαδημία του διαστήματος δέχεται επίθεση από μια άγνωστη και ασταμάτητη εξωγήινη δύναμη. Ο διοικητής, μαζί με μια ομάδα νεοαποφοιτητών μαθητών, δραπετεύει σε έναν μεγάλο ερευνητικό σταθμό. Καταδιωκόμενος από τους εξωγήινους, ο σταθμός περνά μέσα από μια μυστηριώδη υπερδιαστημική πύλη που τους στέλνει σε έναν πλανήτη σε ένα άγνωστο μέρος του σύμπαντος.