Η αμερικανική κυβέρνηση έχει πλέον κλείσει τους Φακέλους X-Files, που επί πέντε χρόνια διερευνούσαν διάφορα ανεξήγητα φαινόμενα και μεταφυσικά συμβάντα. Οι πράκτορες του FBI, Φοξ Μόλντερ και Ντάνα Σκάλι, εξετάζουν τώρα πιο συνηθισμένες υποθέσεις για την Υπηρεσία, όπως για παράδειγμα, μια βομβιστική επίθεση σε κυβερνητικό κτίριο του Ντάλας, με θύματα τέσσερις πυροσβέστες κι ένα παιδί. Ωστόσο, η συγκεκριμένη αυτή έρευνα θα αποτελέσει την αρχή του νήματος για ένα πολύ πιο σκοτεινό μυστήριο, που ξεπερνά κάθε φαντασία.
Στα τέλη της δεκαετίας του 50' και κατά την διάρκεια μιας μοιραίας νύχτας στο Νέο Μεξικό, η Fay (Sierra McCormick), μια νεαρή και συμπαθητική υπάλληλος του τηλεφωνικού κέντρου και ο Everett (Jake Horowitz), ένας χαρισματικός DJ, ανακαλύπτουν μια μυστηριώδη ραδιοφωνική συχνότητα που μπορεί να αλλάξει την μικρή πόλη τους και το μέλλον για πάντα. Τηλεφωνικές κλήσεις που κόβονται, βραχέα ραδιοφωνικά σήματα, μυστικά καρούλια ταινίας που ξεχάστηκαν στην βιβλιοθήκη, κονσόλες και ένα ανώνυμο τηλεφώνημα, οδηγούν την Fay και τον Everett σε ένα κυνήγι θησαυρού προς το άγνωστο.
Βρισκόμαστε στο 1961 κι ο Ψυχρός Πόλεμος φτάνει στο αποκορύφωμά του. Το πυρηνικό υποβρύχιο Κ-19, το καμάρι της Σοβιετικής Ένωσης, ξεκινά για το παρθενικό του ταξίδι, παρά τα μηχανικά προβλήματα που έχουν διαπιστωθεί. Όταν εν μέσω του ωκεανού παρουσιάζεται μια σοβαρή βλάβη, το υποβρύχιο μετατρέπεται σε κινούμενη απειλή. Ενδεχόμενη διαρροή ραδιενέργειας θα αποτελέσει την αφορμή πυρηνικού πολέμου ανάμεσα στις δύο υπερδυνάμεις.