2029: O agentă guvernamentală cibernetică, maiorul Motoko Kusanagi, și Biroul Intern de Investigații sunt pe urmele „Maestrului Păpușar”, un virus misterios și amenințător de pe computer, capabil să se infiltreze în gazde umane.
Într-un Tokyo abandonat de oameni, dar plin de baloane și anomalii gravitaționale, un tânăr înzestrat are o întâlnire fatală cu o fată misterioasă.