Vuonna 1946, heti toisen maailmansodan päättymisen jälkeen, holokaustista selvinneiden salainen järjestö suunnittelee kauheaa kostoa: koska natsit ovat tappaneet miljoonia juutalaisia, he tappavat miljoonia saksalaisia.
The Cove paljastaa japanilaisen pikkukaupungin liepeille piilotetun delfiiniteurastamon keskiaikaiset menetelmät. Sukeltajien pohjaan kätkemät digikamerat ja mikrofonit sekä stuntmiesten viidakkoon piilottamat infrapunakamerat tallentavat kiistatonta todistusaineistoa. DNA-testit ynnä muu vääjäämätön laboratoriofakta muuraa kaiken tukevalle pohjalle.
Dokumentissa tutkitaan, miten ja miksi tuhannet tavalliset saksalaiset suorittivat mittavia kauheuksia natsien poliisijoukkojen jäseninä holokaustin aikaan.