Pedeset i sedam godina nakon stravičnog sukoba s krvoločnim izvanzemaljcem, brod Ellen Ripley pronađen je, a ona probuđena iz sna i suočena s novom noćnom morom. Djelatnici zloglasne "Weyland-Yutani" korporacije nalažu joj da mora krenuti u ekspediciju zajedno sa skupinom komandosa, kako bi provjerila zbog čega je izgubljen kontakt s planetom na kojem je pronađeno čudovište. Iako Ripley pokušava upozoriti nadležne, novi sukob sa smrtonosnim bićem čini se neizbježnim.
2035. godine osuđeni James Cole nevoljko se dobrovoljno vratio u prošlost kako bi otkrio podrijetlo smrtonosnog virusa koji je izbrisao gotovo cijelo stanovništvo zemlje i prisilio preživjele u podzemne zajednice. Ali kad Colea pogrešno pošalju u 1990. umjesto u 1996., uhićen je i zatvoren u mentalnu bolnicu. Tamo upoznaje psihijatra dr. Kathryn Railly i pacijenta Jeffreyja Goinesa, sina poznatog stručnjaka za viruse, koji možda drži ključ misteriozne nevaljale skupine, Armije 12 majmuna, za koju se smatra da je odgovorna za oslobađanje od ubojite bolesti.
Dutch Schaefer predvodnik je elitne skupine komandosa, specijalizirane za spašavanje vojnih zatočenika. Nova misija njegovu skupinu odvodi u dubine južnoameričke prašume, gdje mora izbaviti nekolicinu zarobljenih vojnika. Nakon rutinski obavljenog zadatka, komandosi se suočavaju sa zastrašujućim nevidljivim neprijateljem, koji ih počinje okrutno ubijati. Među vojnike se uvlači nikada doživljeni strah, a Dutch spoznaje kako će se morati suočiti s ubojitim neznancem - prsa u prsa.
23. stoljeće, svemirski brod Enterprise nalazi se na rutinskom zadatku kada admiral James T. Kirk primi hitnu poruku iz svemirskog laboratorija Regula 1. Tajnu napravu zvanu 'Projekt postanak' prisvojio je Kirkov stari neprijatelj Khan, briljantni odmetnik iz 20. stoljeća koji ovu napravu koja predstavlja prijetnju cijelom svemiru kani upotrijebiti u smrtonosnoj igri osvete. Uz pomoć svoje grupe genetski modificiranih superljudi Khan preuzme kontrolu nad jednim federacijskim brodom te krene u potjeru za Enterpriseom, odlučan da ništa ne stane na put njegovu cilju: ubojstvu admirala Kirka… Čak i ako to dovede do općeg uništenja.
24. je stoljeće. Na zapovjedni brod Federacije krenula je ratna flotila strašnih Borgova, rase kibernetički promijenjenih ljudi kojima zapovjeda zla kraljica (Alice Krige). Njihov cilj je podrediti sve rase u svemiru, a da bi ga ostavarili moraju se dočepati izuma genijalnoga Zeframa Cochranea (James Cromwell) i njegove pomoćnice Lily (AlfreAlfre Woodard). Zeframov izum omogućuje putovanje kroz vrijeme i svladavanje nemjerljivih međugalaktičkih prostranstava. Novi svemirski brod 'Enterprise E' pod zapovjedništvom kapetana Picarda (Patrick Stewart) dobiva naređenje da se ne miješa u borbu između zlih Borgova i federacijskih brodova. Picard jedini prepoznaje sav užas situacije, jer je već jednom bio u borgovskom zarobljeništvu. Kada vidi da će Federacija izgubiti bitku, prekršava naredbu i uništava protivnike, osim jednog manjeg dijela koji uspijeva pobjeći i stvoriti vremensku distorziju zahvaljujući kojoj se mogu vratiti u prošlost.
Beskućnik koji prosi na Grand Central RR stanici u New Yorku ugleda Prota koji se pojavljuje niotkuda. Kada ga policija zaustavlja nakon što pokušava pomoći opljačkanoj ženi, zadržavaju ga zbog njegovih tvrdnji kako nije stigao vlakom jer dolazi s druge planete. Odvode ga u umobolnicu gdje je pod prismotrom Dr. Powella koji, naravno, skeptično prima njegove tvrdnje da dolazi s K- PAX-a, planete udaljene 1000 svjetlosnih godina od Zemlje.
23. je stoljeće i tajnovita izvanzemaljska sila prijeti Zemlji isparavajući oceane i uništavajući atmosferu. U mahnitom pokušaju da spase čovječanstvo, Kirk i njegova posada moraju se vratiti u 1986. godinu u San Francisco gdje pronalaze svijet punka, pizze i autobusa na kojima morate imate točan iznos za plaćanje, što im je jednako strano kao bilo što s čime su se susreli u dalekim prostranstvima galaksije.
Nakon godina ratovanja, Federacija i Klingonsko carstvo pripremaju se za mirovnu konferenciju, kada navodni napad Enterprise-a gotovo uništi jedan klingonski brod. Oba svijeta pripremaju se za mogući posljednji, pogubni susret.
Oni dolaze... Neidentificirani leteći objekt, veliki svemirski brod srušio se u centru Moskve. Letjelica je pala u gusto naseljen dio ruske prijestolnice. Poginuo je veliki broj ljudi i pričinjena je velika materijalna šteta. Mada vlasti i vojska daju sve od sebe da situaciju stave pod kontrolu, sve je, ipak, pošlo po zlu. Hekon je predstavnik vanzemaljaca. Biološki je sličan ljudima, ali po sposobnostima daleko napredniji. Na putu ka Zemlji, gdje se zaputio u istraživačku misiju, njegov brod oštećen je meteorskom kišom. Dodatno, rusko vazduhoplovstvo brod je pomiješala sa meteorom, pa mu je umjesto pomoći uputila balističke rakete, kako bi otklonili opasnost za građane Rusije. Međutim, time su onesposobili kontrole na brodu, te se on srušio na stambene blokove velegrada. Vlasti su odlučile da ne stupaju u kontakt sa vanzemaljskom posadom, niti su im ponudili pomoć u popravcima. Ogradili su i evakuirali prostor oko broda, a Moskva je nastavila sa uobičajenim životom.
Film se nastavlja tamo gdje je završio prethodni, 'Zvjezdane staze II: Khanov bijes'. Nakon Spockova pogreba, posada se vraća kući. Kod kuće saznaju da će njihov brod Enterprise zbog starosti biti povučen iz uporabe. No uskoro kapetana James T. Kirka (William Shatner) posjeti Spockov otac Sarek (Mark Lenard) i priopći mu da je Spock zapravo živ. Njegovo tijelo zarobljeno je na planetu na kojem je na snazi projekt Genesis, a dušu je prije smrti preselio u um doktora McCoya (DeForest Kelley), koji sad pati od trauma i deziluzioniranosti. Stoga je potrebno McCoya odvesti na Vulkan kako bi se Spock vratio u život, a McCoy opet postao onaj stari. Sada je kapetan Kirk prisiljen ukrasti Enterprise, unatoč zabrani vrhovništva te sa svojom posadom krenuti u spašavanje prijatelja.
Svemirski brod Enterprise prolazi zadnju fazu priprema prije nego što krene u presretanje tajanstvenog oblaka koji se velikom brzinom približava Zemlji. Kapetan James T. Kirk (William Shatner) stiže na brod i preuzima komandu od kapetana Willarda Deckera (Stephen Collins), koji je time vrlo razočaran ali ipak prihvaća mjesto prvog časnika. Na brod stiže i Deltanka Ilia (Persis Khambatt) koju s Deckerom povezuje romantična prošlost. U međuvremenu im se pridružuje i Spock (Leonard Nimoy), koji nije uspio proći obred Kolinahr te se vraća na Enterprise. Prva nevolja na koju nailaze je velika crvotočina koja ih zamalo uništava. Uskoro stižu do oblaka, ali otkriju da je oblak živo biće po imenu V'ger koje skriva tajnu staru 3 stoljeća...
Na prvi let novog međuzvjezdanog broda 'Enterprise B' pozvan je i umirovljeni veterani svemirske flotile, legendarni kapetan James T. Kirk (William Shatner) sa svojim časnicima Montgomerryjem Scottom (James Doohan) i Pavelom Chekovom (Walter Koenig). Rutinska pokusna vožnja pretvorila se neočekivano u pogibeljno spašavanje vozila zaglavljenih u golemoj svemirskoj energetskoj vrpci Nexus, prilikom kojega kapetan Kirk nestaje u svemiru. Sedamnaest godina kasnije, kapetan najnovijega 'Enterprise'-a oznake D, Jean Luc Picard (Patrick Stewart) spašava s razorene istraživačke postaje elaurionskoga astrofizičara Sorana (Malcolma McDowella). Pritom ne zna da je brodolomac zbog kojega je riskirao vlastiti život i život svoje posade zapravo tvorac monstruoznoga plana kojemu je cilj uništiti milijune života. Kapetan ne zna ni da će mu presudnu pomoć pri zaustavljanju zločinca dati njegov davno iščeznuli kolega...
'Dolazimo u miru' nije ono što mali zeleni s Marsa misle kad napadnu naš planet, naoružani neodoljivim oružjem i okrutnim smislom za humor. Ova glumačka postava puna holivudskih zvijezdi je žrtva vanzemaljske zabave i igara u ovom komedijskom omažu filmovima znanstvene fantastike 50-ih i 60-ih.
Godina je 1997. i čudovišno biće iz svemira ponovno se pojavljuje i širi užas, ovaj put na ulicama Los Angelesa. Nevidljivom predatoru na putu ne stoji nitko osim ludo hrabroga policajca Mikea Harrigana koji smatra svojom dužnošću spasiti grad i osvetiti partnera Dannyja Archuletu. Nekonvencionalni poručnik, kojega vjerno slijedi jedino kolegica Leona Cantrell, ima neprijatelje i u vlastitim redovima. Savezni agent Peter Keyes misli kako lokalni policajac ugrožava i njegovu pomno isplaniranu akciju i stanovnike kalifornijskoga velegrada, a njegovo mišljenje dijele i poručnikovi pretpostavljeni...
Nakon radosnog vjenčanja Williama Rikera i Deanne Troi Picard dobije još jedan razlog za slavlje: Romulanci žele mir, a kapetan će biti izaslanik Federacije. No dok Enterprise putuje prema Romulu, ondje ih očekuje genijalni zlikovac koji skriva pakleni plan uništenja te nezamislivu tajnu koja će Picardu pružiti najstrašniji izazov. Shinzon, remanski klon Picarda, želi ni manje ni više nego pokoriti Romulansko carstvo, potpuno razoriti Zemlju te usmrtiti kapetana Picarda.
Spockov polubrat Sybok otima svemirski brod Enterprise zajedno s posadom kako bi otišao u središte galaksije, gdje se navodno nalazi planet na kojem se nalazi - Bog.