Ashitaka é o jovem guerreiro do clã Emishi que é amaldiçoado ao defender a sua aldeia de um demónio criado pela violência humana. Assim, viaja até à região controlada pelo clã Tatara na esperança de compreender a maldição que lhe fora posta, antes que esta o mate. O que Ashitaka vai encontrar é um conflito entre os humanos e os deuses da floresta. Apanhado no meio do conflito, Ashitaka conhece San, a Princesa Mononoke. Criada por lobos, Mononoke fará tudo o que puder para acabar com os humanos que ameaçam a floresta
Em 1765, durante o reinado de Luís XV, uma misteriosa criatura traz pânico e terror em uma província rural da França. Chamada de a Besta de Gevaudan, ela atacava crianças e mulheres há meses e ninguém era capaz de prevenir suas ações, vê-la com nitidez ou sequer capturá-la. Desesperado em pôr um fim na situação, o rei decide então enviar ao local o renomado biólogo Gregóire de Fronsac (Samuel Le Bihan). Entretanto, Gregóire terá não apenas que lutar contra o monstro mas também contra a ignorância, a conspiração e a intolerância local, recebendo o apoio de duas mulheres, uma aristocrata e uma prostituta.
1942, Bruxelas. A menina Misha, de sete anos de idade, começa uma viagem desesperada para escapar dos nazistas e encontrar seus pais. Sozinha, traumatizada, terrivelmente vulnerável, sua salvação chaga de forma de uma família de lobos, que a adota. Um amor único e poderoso se desenvolve gradualmente entre a menina e seus protetores. Misha passa por muitos episódios - alguns trágicos, alguns engraçados - mas todos intensamente comoventes. Os lobos vão ajudar a menina a sobreviver e dar-lhe forças para continuar sua missão.
Na época das Cruzadas, um nobre e sua esposa grávida sofrem um acidente, mas ele consegue salvar a criança. Algum tempo depois, ele decide se casar novamente, sem imaginar que sua nova esposa praticava bruxarias e que com o tempo perseguiria a enteada.
Uma trupe de jovens e belos atores segue pela estrada. Logo chegarão num enorme e assombroso castelo, onde vão encenar uma peça para um garoto solitário e seu avô, um homem sinistro, que parece devorar as pessoas com os olhos. A noite segue calma nesse ambiente arrepiante, mas aos poucos uma onde de terror se espalha. alguém vestido com a fantasia de lobo usada na peça começa a atacar um a um.