Keevitaja Llewelyn Moss leiab ühel päeval mahajäetud auto, mille ümber on mitu kuulidest puretud laipa ning koormaks hunnik heroiini ja kaks miljonit dollarit. Raha kaasa võttes käivitab Moss vägivaldse ahelreaktsiooni. Korraga on tema kannul mitmed asjast huvitatud isikud, kelle seast kõige ohtlikumaks osutub salapärane tundmatu, kellele meeldib inimelude peale kulli ja kirja visata.

Jason Bourne'i minevik tuleb tema jaoks tagasi. Kolme filmi saaga teises osas, mis põhineb Jason Bourne'il, endisel CIA agendil, kes kaotab mälu ja kui ta üritab seda taastada ja teada saada, kes ta tegelikult on, satub ta spionaaživõrku ja valitsuse manipuleerimine Ameerika Ühendriikide poolt, kus teda jälitavad kutselised tapjad, poolsõjaväelised palgasõdurid ja endised CIA seltsimehed. Film algab Indias Goa osariigis, kus Jason ja Marie on läinud elama Treadstone'i eest peitu, kuid seal asub ka endine ettevõte agent otsib ja jälitab neid ning jälitab neid. Jason Bourne alustab oma seiklust oma mineviku avastamisega, mäletades osa sellest ja jälitades esindajat, kes samuti poseerib temana.

Robert Neville (Will Smith) on suurepärane teadlane, kuid isegi tema ei olnud võimeline peatama kohutavat viirust, mis oli pidurdamatu ning inimeste endi loodud. Tänaseks on Neville ainus ellujäänud inimene New Yorkis, kuna mingil põhjusel oli mees viiruse vastu immuunne. Iga päev elab ta lootuses leida teisigi ellujäänuid. Ent ta ei ole üksi. Katkus muteerunud ohvrid peidavad end pimeduses, oodates kuni Neville teeb lõpuks saatusliku vea...