까칠한 아저씨 긴과 여자를 꿈꾸는 남자 하나, 십대 가출 소녀 미유키는 하루하루 대충~살아가는 홈리스들. 흰 눈이 내리는 화이트 크리스마스에도 언제나처럼 쓰레기를 뒤지던 그들은 버려진 아기 ‘키요코’를 발견하게 된다. 키요코가 하늘이 보내준 천사라 생각한 홈리스 트리오는 아기천사에게 따뜻한 집을 찾아주겠다는 불타는 사명감으로 길을 나서는데...

네오 베네치아 거리가 낙엽으로 물드는 가을. 아테나는 후배 아리스가 자신과의 만남을 피하고 있다는 느낌을 받고 고민에 빠져 있다. 이에 오렌지 플래닛의 아냐를 중심으로 아리아 컴퍼니와 히메야 지점의 운디네들은 아테나와 아리스, 두 사람의 만남을 성사시킬 수 있는 방법을 찾기로 하는데...

50년에 한 번씩 모습을 드러내는 신비의 섬 봉래도. 이곳을 지배하려는 네 요괴의 공격에 한 반요 아이가 섬을 탈출한다. 아이를 구한 이누야샤 일행이 다른 반요들을 지키기 위해 섬으로 향하는데. 요괴들에 맞선 싸움, 이제 시작됐다.

셀게임이 시작되기 며칠 전, 계왕은 대계왕에게서 전설의 초사이어인이 남쪽 은하를 습격하고 북쪽 은하를 노리고 있다는 말을 듣고 두려움에 빠진다. 한편, 한가롭게 벚꽃놀이 중이던 베지터 일행 앞에 파라가스라는 사이어인이 나타나 신 혹성 베지터를 건설해서 베지터를 왕으로 추대하고 싶다며 초대를 하는데...

어느날 텐치의 앞에 자칭 텐치의 딸이라는 16세의 여자아이 마유카가 나타난다. 하지만 와슈의 실험 결과 마유카의 주장은 사실인 것으로 판명되고, 믿을 수 없는 이 사건에 대해 텐치 일행은 놀라움을 금치 못한다. 결국 마유카가 미래에서 온 텐치의 딸이라는데 동의를 한 일행은 곧 마유카의 엄마가 누군지에 관심을 쏟는다. 하지만 마유카는 아빠에 대한 기억 밖에 없다고 말하는데...

「파동전설」이야기가 전해져 내려오고 있는 로타마을에서 수백년전 「세계가 시작하는 나무」의 힘으로 싸움을 멈춘 「파동의 용사 아론」을 기리는 축제가 한창이었다. 마을에 방문한 지우 일행은 그 해 용사를 정하는 포켓몬 시합에 나가 치열한 싸움끝에 멋지게 우승하여 「파동의 용사」가 되어 아론의 자팡이를 상으로 받는다. 그런데 그때 지팡이의 돌 장식이 빛을 내면서 봉인되었던 「루카리오」가 나타난다. 지우 일행은 피카츄를 데려간 「뮤」를 찾기 위해 루카리오와 함께 「세계가 시작하는 나무」를 향해 여행을 떠난다.

불가능한 미션, 죠이록을 없애라! 리나일행은 나가가 구입한 의 온천 우대권을 가지고 미프로스 섬으로 간다. 그 곳에서 가우리의 선조인 가우디 가브리예프를 만나게 된 리나일행은 이상한 사건에 휘말리게 된다. 이상한 사건이란 바로 미프로스섬의 에른고슈의 유적에 있는 죠이록을 없애는 것. 죠이록은 변형된 차원의 마족으로 강한 마력을 지니고 있었다. 라우디의 의지로 시간의 문을 열어 과거로 가게된 리나 일행은 그 곳에서 엘프들이 축제에 참가하게 된다. 그런데 축제 도중 갑자기 죠이록이 나타나 아수라장을 만들어버리는데...

대빙원에 있던 과학자 「론도 박사」와 그의 아들 「하늘」. 그곳에 돌연 폭음과 함께 운석이 떨어진다. 주위를 감싸는 수증기. 그 안에서는 환상의 포켓몬 「테오키스」가 나타난다. 그곳에 천공포켓몬 「레쿠쟈」가 모습을 드러내며 격렬한 싸움이 시작된다. 그로부터 4년 후, 「랄스시티」에 도착한 지우 일행은 배틀타워에서 포켓몬 시합을 통해 이 마을에 사는 소년 하늘이와 만난다. 하늘이는 서서히 지우 일행에게 마음을 열고 포켓몬들과도 사이가 좋아지고 있었다. 그러던 중, 돌연 테오키스가 랄스시티에 나타난다. 테오키스의 목적은? 드디어 마을의 모든 기능이 정지되고 지우 일행은 마을에서 벗어나지 못하게 된다.

2차 세계대전을 겪고 난 일본은 미국의 통치 지역과 유니온 정부의 통치 구역으로 나뉘면서 남북이 분단된다. 미국의 통치 지역인 아오모리현에 사는 히로키와 타쿠야는 분단 때문에 갈 수 없는 유니온 구역 하늘에 떠 있는, 우주로 향해 있는 탑을 동경한다. 그들은 직접 비행기를 만들어서 언젠가는 높은 탑 근처까지 날아갈 계획을 세운다. 히로키가 흠모하는 소녀 사유리도 계획에 가세하지만 세 사람은 어떤 이유 때문에 탑으로 가지 못하고 훌쩍 자라버린다. 그로부터 3년이란 시간이 흐른 뒤 히로키는 다시 한번 유니온 하늘에 솟아 있는 탑으로 비행기를 타고 가야겠다는 결심을 한다.

갑작스러운 폭발로 대혼란에 빠지고 만 오사카의 한 TV 방송국.마치 테러와도 같은 사건. 하지만 범인의 정체는 물론 범행 목적조차 파악되지 않는 상황이 계속되고, 혼란 속에서 코난과 친구들은 헤이지의 약혼자임을 주장하며 당돌하게 대시하는 카루타(일본의 전통 카드 게임) 대회 고교 챔피언 오오카 모미지를 만나 더욱 당황한다.한편, 방송국 폭발과 동시에 교토에서는 카루타 대회 2년 연속 우승자가 살해당하는 사건이 발생하고, 현장의 TV에서는 다름 아닌 모미지의 경기 모습과 함께 한편의 시가 고요히 울려 퍼지고 있었는데......

크라운 대은하에 존재하는 4개의 항성계(이스터, 웨스터, 사잔드, 노우즈)와 장대궤도를 지닌 스턴트 유성으로 말미암아 구성되는 조커 태양성단이 이 이야기의 주된 무대. 조커 성단에는 지극히 발달하였지만 완만하게 쇠퇴를 시작하고 있는 문명이 있다. 4개의 태양계의 몇 안 되는 행성에서 거주하고 있는 인류는 무수한 국가를 형성했으며, 이 국가들은 세력 확대를 위해 서로 싸우고 있었다. 그 국가간 분쟁의 비장의 카드는 바로 「모터헤드 (MH)」라 불리는 인간형의 거대 로봇. 그리고 과거의 초 문명의 피를 계승받아 초인적인 전투능력을 가졌고, MH를 조종할 수 있는 헤드라이너(사람들에게는 「기사」라고 불린다.)들이며, 또한 그 양자의 중매를 하는 인공생명체「파티마」. 이렇게 2가지이다. 그 조커에서 인류를 훨씬 능가하는 2개의 존재가 만나 연결된다. 한 사람은 혹성 델타·베른의 통치자이며 성단 제일의 미모와 두뇌 그리고 수많은 신기를 가지고있는 「빛의 신」"아마테라스의 미카도"(천조제). 또 한 사람은 광기의 천재과학자 Dr.발란셰가 창조한, 아마테라스와 동등의 힘을 지닌 「초생명체(더블 입실론·휴먼)」"라키시스". 이윽고 그들은 성단 전체를 전쟁의 불꽃에 휘말려들게 하는 대침공을 개시하고, 그러자 인류의 생존과 명예을 건 신과의 싸움이 시작된다.

갇혀있던 범죄자 카인은 탈출 후 갤럭시 본부를 날려버리고 지구로 향한다. 한편 지구의 천지라는 소년은 몸이 없어지는 현상을 겪고, 와슈 박사는 그 현상이 과거의 변화 때문이라는 것을 알아챈다. 이에 천지 일행은 과거로 향하는데...

철갑룡, 혹은 하우 드라곤이라고 불리는 결사단체는 세계를 장악하려는 계획을 품고 팔괘중이라는 거대 로봇군단을 만들어냈다. 하지만, 그 중 한대가 누군가에 의해 탈취당하는 사건이 발생한다. 탈취당한 로봇은 팔괘중의 로봇 중 가장 강력하다 전해지는 하늘의 제오라이머. 천재과학자 키하라 마사키가 빼앗은 제오라이머는 철갑룡의 중심부에 괴멸적인 타격을 입힌 뒤 일본으로 사라지고, 철갑룡은 조직을 복구하기까지 15년이라는 세월을 필요로 하게 된다. 15년 후, 마침내 지상으로 돌아온 철갑룡은 황제 유라테이를 중심으로 지구 정복에 앞서 배신자 키하라 마사키가 숨긴 제오라이머의 탈환을 명령한다. 일본의 어딘가에 비밀리에 감춰진 제오라이머를 움직일 수 있는 인물은 이제 지구상에 오로지 두명 뿐이다. 아키츠 마사토라는 평범한 14세의 소년과 정체불명의 소녀 히무로 미쿠. 하지만, 이 제오라이머에는 스스로가 명계의 왕이 되기 위한 명황계획이라는 비밀 프로젝트가 숨겨져 있었고, 이 계획을 위해 평범한 소년이었던 아키츠 마사토는 영문도 모른 채 의문의 남자들에게 납치되고 마는데...

연속적인 명화 도난 사건이 세상을 떠들석하게 만들고 있었다. '캣츠아이'라고 자칭하는 범인은 범행 예고대로, 많은 사람들이 보고 있음에도 자정 12시에 대담한 범행을 반복하고 있었다. 단서는 전혀 없다. '캣츠아이'의 정체란… 아름다 세 자매인 '루이', '히토미', '아이'. 그녀들의 범행 동기란 실종된 화가인 아버지의 그림을 되찾고 그 소식을 확인하기 위해서였다. 그러나 거기에는 국제적 신디케이트 ‘홍룡단’의 그림자가 있다. '캣츠아이'에 최대의 위기가 다가오고 있다…!