توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
هنگ کنگ، سال ۱۹۶۲٫ «لی ژن» (چئونگ) منشی یک شرکت صادراتی است و شوهرش که در یک شرکت ژاپنی کار می‌کند، دائم در سفر است. خیلی زود میان «لی – ژن» که در یک واحد آپارتمانی شلوغ زندگی می‌کند و همسایه‌اش، روزنامه نگاری به نام «چو» (لئونگ چیو وای)، صمیمیتی به وجود می‌آید.
یک سایبورگ که مدت ها غیرفعال شده بود بار دیگر به زندگی باز میگردد ولی چیزی از گذشته به یاد ندارد و تصمیم میگیرد که دریابد در گذشته چه اتفاقاتی برایش افتاده است.
در خلال جنگ جهانی دوم خلبانی گمنام (رالف فاینز) دچار حادثه می‌شود و در شمال آفریقا سقوط می‌کند. او که به سبب زخم‌های هولناک و شوک روانی نام خود و گذشته اش را به یاد نمی آورد، با نام بیمار انگلیسی به نیروهای متفقین در ایتالیا تحویل داده می‌شود. در آنجا پرستاری به نام «هانا» (ژولیت بینوش) با اجازه سرپرست بیمارستان او را در صومعه ای در ایالت توسکانی بستری و از او مراقبت می‌کند...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
یک گروه آمریکایی که به طمع به دست آوردن پول و ثروت به مصر آمده بودند تا به دنبال شهر گمشده هامونوپترا بگردند، ناخواسته یک مومیایی را بیدار میکنند که باعث می شود...
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
«جیمز باند» (مور) مأموریت می یابد تا برای تحقیق درباره ی فعالیت های غیرقانونی مرد متنفذ و مرموزی به نام «اسکارامانگا» (کریستوفر لی) به شرق دور برود...
«پیتر پارکر» (مگوایر) هنوز برای روزنامه‌ی «دیلی باگل» کار می‌کند و هنوز آماده است تا در هیئت «اسپایدر من» به کمک مردم بشتابد. تا این که یک توده‌ی سیاه رنگ ماورای زمینی خود را به بدن او می‌چسباند و «پیتر» را متوجه نیمه‌ی تاریک وجودش می‌کند. به این ترتیب یک «اسپایدر من» خشن و بی رحم پا به عرصه می‌گذارد...