Em 2029, numa sociedade altamente computorizada, um dos maiores avanços consiste nuns implantes cerebrais que transformam os seres humanos em ciborgues. Entre estes está uma agente secreta cuja missão é apanhar um perigoso hacker.
Numa Tóquio abandonada, invadida por bolhas e com as leis da gravidade alteradas, o destino de um jovem excecional cruza-se com o de uma rapariga misteriosa.
O inspetor Zenigata é preso e a imprensa afirma que ele foi o verdadeiro cérebro por trás de todos os notórios assaltos de Lupin! Não demorou muito para o orgulho de Lupin levar a melhor sobre ele, e o rico magnata Roy Forest o manipula para aceitar um novo desafio: roubar o "Cristal do Tempo" em uma semana. O Time Crystal é um segredo do governo que se tornou público: um mecanismo de supercomputador que pode descriptografar senhas seguras mais rápido do que jamais se imaginou. Mas por que Jigen está agindo de forma tão estranha ultimamente? O que aconteceu com o jovem prodígio do piano que foi recentemente sequestrado? E qual é a estranha conexão entre todos eles?