Na história, a humanidade perdeu muito do seu terreno desenvolvido devido ao aquecimento global na primeira metade do século 21. Então, uma “Fleet of Fog” carregado com super armas começa a aparecer em todo o mundo. Sem a capacidade de resistir a esta frota, a humanidade foi derrotada e já não podia viajar pelos mares. 17 anos após a guerra naval devastadora, Gunzo Chihaya e seus amigos de alguma forma conseguem comandar uma Fleet of Fog.

A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.

Riding Bean, conhecido pela polícia como Roadbuster, é um mensageiro para tudo. Com o companheiro Rally, que é perfeito no manejo de armas de fogo, ele transporta todo o tipo de coisas boas e ruins pela cidade, desde que o pagamento seja correto. Em sua próxima missão, ele deve fazer o parto de uma menina em casa. Mas ele nem chega a fazer isso porque os guardas de lá o atacam imediatamente, porque acham que ele sequestrou a garota. Ele não tem escolha a não ser procurar seu cliente. Mas esse é um oponente difícil que exige todas as suas habilidades de Bean.

Situado na Idade do Ferro na Escandinávia, o filme abre com a Hórus lutando contra uma matilha de lobos cinzentos, e acidentalmente acorda um gigante de pedra antigo, chamado Mogue. Hórus consegue puxar um "espinho" do ombro do gigante, que parece ser uma espada enferrujada e antiga. O gigante proclama ser esta a "Espada do Sol", dizendo também que quando a espada for devidamente reforjada, ele virá para Hórus, que será então chamado o "Principe do Sol". O pai de Hórus, no leito de morte, revela que a família veio de uma aldeia costeira do norte, que foi devastada pelo perverso bruxo Grunwald, deixando-os como únicos sobreviventes. Antes de morrer, o pai de Hórus incumbe o filho a regressar à sua terra natal e vingar-se da vila.

As idols da 765 Production seguem em sua jornada que nunca acaba — seguindo em frente para um novo palco, para um futuro brilhante e estrelado! As jovens e o seu produtor passaram por altos e baixos e enfrentaram de tudo. Agora chegou a hora destas manter a sua amizade, e com uma grande disciplina, dar um passo adiante ao seu futuro brilhante.