跨越过无数次数码世界和人类世界的危机迎来的日常生活之中，人类和数码兽的共存之道初见端倪。 在这种情况下，世界再次掀起异变之前，成为大学生的太一等人集合起来。 自1999年夏天开始的他们的漫长冒险，将迎来终结之时。 这是“被选中的孩子们”即将成为大人之前，八神太一和亚古兽他们最后的冒险物语。
二战结束后不久，日本南海惊现离奇事件，打捞船荣子丸在平静的海面上突然遇难，幸存者寥寥，前去搜救的宾果丸也一去不返。不久，南海附近的岛屿大户岛遭受到恐怖的袭击，岛上的老人声称这便是传说中的怪兽哥斯拉作怪。古生物专家山根京平教授受命前往调查，根据现场遗留的痕迹断定，这个怪物是200万年前侏罗纪时代存活下来的恐龙，并且在原子弹辐射的影响下，化身为更具破坏力的恐怖怪兽。该论断一经公布，便在日本国内引起轩然大波。政客和军队纷纷行动，意欲置哥斯拉于死地。而哥斯拉也闯入东京，进行一场毁灭性的破坏。人类的命运悬于一线……
西蒙（杰里米•艾恩斯 饰）是个头脑慎密，心狠手毒的恐怖分子。为了实现一场惊天大阴谋，他先是制造了一起爆炸案。在警方紧张破案之际，他又给警长约翰•麦卡伦（布鲁斯•威利斯 饰）打电话，声称警方必须听从他的一系列指令，否则他将继续在全市搞爆炸活动。在杂货店老板宙斯（塞缪尔•杰克逊 饰）的帮助下，麦卡伦完成了西蒙的一系列指令，多次死里逃生。然而意犹未尽的西蒙，命令麦克莱恩去拆除街心花园的炸弹，又宣称在纽约市一所小学校内安放了炸弹。警方和市政官员几乎全部出动，去各小学疏散学生，搜寻炸弹。麦卡伦逐渐对西蒙一个又一个的指令产生疑虑，他终于发现西蒙调动全市警力背后的真相……
圣诞前夕，麦卡伦正在华盛顿的机场等待妻子乘飞机归来过节。然而无意中他却发现了一个重大的阴谋：被议会解职的特种部队施上校正率领部下准备解救被引渡的中美洲毒枭艾将军。麦卡伦将此事告知了机场警卫队的罗队长，但后者的官僚作风和愚蠢却使这一切未能得到阻止。施上校带领部下占领了机场附近的一座小教堂，设置了一个飞行控制中心，并切断了机场控制塔与空中的一切联系，使众多的客机无法降落。而麦卡伦的妻子霍莉此时却正在其中的一架飞机上。为了解救妻子和在空中的众多客机，麦卡伦不得不再次进行艰苦的努力。
怪兽们被外星人控制四处肆虐，哥斯拉大闹纽约，拉顿飞往莫斯科，哥罗恐龙从凯旋门地下钻出，之后在外星人控制下，哥斯拉、拉顿、曼达、摩斯拉一同破坏东京，而人类正在找出对付外星人的办法……
影史经典默片，有史以来第一部怪兽科幻片，第一部带有定格动画的电影长片。 根据英国的阿瑟·柯南·道尔于1912年写下的科幻小说《失落的世界》改编。一群科学家在荒岛上发现了巨大的恐龙存活，费尽心思弄了一头到城市里，不料恐龙逃脱，大闹一通。 片中“栩栩如生”的恐龙与人类演员同 台共戏的场景令当时的观众和评论者叹为观止。该片大量的使用了蒙太奇拍摄。不论是故事情节还是特技都非常出色，后来的《金刚》受到了这部影片比较深的影响。
重返祖传的城堡，在怪物死后很久，弗兰肯斯坦博士的儿子遇见了一个疯狂的牧羊人，他正在隐藏昏迷的怪物。为了洗刷家族的名声，他复活了怪物并试图康复他。
在中欧小村庄行医、深得民心的史坦医生在他的慈善诊所为病人施行紧急手术时，许多病人的四肢都遭到切除，可是村里似乎没有人对此事起疑，除了他的竞争对手克雷夫医师。克雷夫医师扬言要揭发史坦医生的真实身分---逃犯，但反倒被史坦说服，成了他的同伙。当史坦和克雷夫用村里邪恶的驼背怪人卡尔的脑袋，来创造他们自己的怪物时，事情已到不可收拾的地步。让本片更加精采的是，有另一个怪物就是以法兰金斯坦医师的模样塑造而成！
拉里•达利（本•斯蒂勒 饰）生活似乎不太顺利：经常换工作，居无定所；妻子与他离婚，找了一个证券经纪人，即将再婚，自己在儿子心目中的地位也岌岌可危。达利为了挽救自己的生活，也为了争取到儿子的抚养权，他不得不放弃“做大事”的梦想，成为了纽约自然博物馆的夜间警卫。达利原本以为这是一份无聊的工作，谁知道上班的第一天，不可思议的事情就发生了：博物馆里的法老金牌拥有神奇的魔法，当夜晚来临的时候，馆中所有的标本都会活过来，追逐骨头的霸王龙、爱捣乱的猴子、暴虐的匈奴王、钻木取火的穴居人……将一切弄得不可开交。在26届总统特迪•罗斯福的帮助下，达利好不容易控制住了局面，但是，他马上又遇到了新的麻烦：有人想打法老金牌的主意。职责所在，也是为了博物馆夜晚的奇迹，达利不得不挺身而出。
良太开船去找男孩失踪的哥哥，遇到暴风雨漂流岛一座岛上，在那岛上发现了龙虾怪兽伊比拉，还有在岛上进行一项不为人知计划的神秘组织红竹，正巧碰到一位女原住民，通过她的帮助下四人潜入红竹的基地，竟发现哥斯拉在岛上的洞穴中休眠…….
身无分文的弗兰肯斯坦男爵在他热心的助手汉斯的陪伴下，回到了他位于卡尔斯塔德镇附近的家族城堡，发誓要继续他的生命创造实验。幸运的是，他发现了他之前正在研究的生物，他把它带回了住所。但他还需要催眠师佐尔坦的服务，以成功地赋予它生命。然而，贪婪而复仇心强的佐尔坦偷偷把怪物派到镇上去偷金子，并“惩罚”镇长和警察局长，这一行为导致了男爵和市民们的暴力冲突...
渔业飞行员月冈和小林在无人岛上的石洞目击哥斯拉和一只背面长出长刺的怪兽正在打斗。返回大阪后，二人立刻报告, 对策本部立即被成立，并查那一只长刺的怪兽叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一样受氢弹试验而苏醒， 山根博士在没有兵器对抗哥斯拉的情况下， 建议用灯光诱导怪兽回海的方法……
由考古学家发现了一个神秘的失落世界，可是却在告知好友钱教授之后就一病不起，去世前他托好友钱教授替他完成发现恐龙的遗志。然而这个失落的世界早就受到了诅咒，守护这里的尼安泰塔人根本不让外人踏足这里一步，于是他们开始了生存之战……