이제는 60대의 노인이 되어버린 마이클(알 파치노)은 거대해진 패밀리의 강력한 자금력을 바탕으로 합법적인 사업으로 전환하는데 힘쓴다. 이 과정에서 특히 그는 바티칸 은행의 책임을 맡고 있는 대주교와 거래하므로써 이러한 합법적인 사업을 행할 수 있었고 바티칸의 대주교 역시 마이클의 사업에 참여하여 이익을 얻고 있었다. 이러한 그의 계획에 젊은 보스 조이 자자(죠 맨테그나)가 정면으로 도전해오고, 마이클 자신도 습격을 받는다. 그러나 일단 도전을 받은 이상 응하지 않을 수가 없고, 자자의 뒤에는 그의 계획을 방해하는 거대한 조직의 음모가 도사리고 있었는데...

영국 교회가 로마 교회의 지배를 받던 시절, 토머스 모어(Sir Thomas More: 폴 스코필드 분)는 헨리 8세의 두터운 신임을 받고 있는 조력자이며 천주교에 대한 신앙심 또한 두터운 사람이다. 어느 날 헨리 8세가 이혼을 원하자, 모어는 왕의 이혼과 재혼을 승인하지 않는다. 그리고 헨리 8세(King Henry VIII: 로버트 쇼 분)가 스스로를 영국 천주교회의 수장으로 임명하려 하지만 모어는 이 또한 인정하지 않는다. 결국 모어는 리처드 리치의 모함을 받아 웨일스의 재판장에 서게 된다. 그곳에서 모어는 증인으로 소환되어 위증한 리처드 리치에게 "영혼을 파는 자는 세상을 다 얻어도 덧없는데, 고작 웨일즈 법무장관이라니"라며 "당신들이 내 피를 보려는 건 왕의 칭호 때문이 아니라 결혼을 승인하지 않았기 때문이요"라며 자신의 기독교와 도덕에 대한 신념을 굽히지 않는다. 그리고 그는 끝내 형장의 이슬로 사라져간다. "토마스 모어의 머리는 한 달간 '반역자의 문'에 걸려있다가 딸 마가렛이 가져가서 자신이 죽을 때까지 보관했다. 크롬웰은 그후 5년 뒤에 대역죄로 목이 잘렸으며, 대주교는 화형 당했다. 노퍽 공작도 반역자로 처형될 예정이었으나 바로 전날 왕이 매독으로 사망한 바람에 목숨을 건졌다. 리차드 리치는 대법관이 됐고, 고령으로 사망했다."

여행중 사망한 아들의 유해를 안고 아버지는 산티아고의 길(El camino de Santiago) 순례에 오른다.

독일의 유대인 학살에 침묵한 ‘교황청’ 위선에 가득찬 기득권을 고발한 두 남자. 나치제도 그리고 바티칸과 연합군들의 외교. 이 두 가지 시스템 안에서 투쟁하는 두 남자가 있다. 컬츠 게르스타인은 유태인 집단 처형장의 책임자이지만 그는 가족의 목숨을 걸고 이런 학살을 연합군과 교황 그리고 독일 시민에게 알려주려 애를 쓴다. 그리고 사제 리카르도는 자기 목숨을 걸고 나치제도에 반항한 모든 교회인을 대표한다. 이 영화에서는 알면서도 모르는 척 하던 교황청을 비롯한 모든 권력의 중심부에서 자신의 안위만을 염려하던 기득권 세력들의 위선과 허식 감추어진 양심을 지닌 사람들의 냉담함을 재판한다.

교황의 급사로 새로운 교황을 선출한다. 새로운 교황 멜빌은 선언 연설(HABEMUS PAPAM)을 거부하고, 바티칸 교황청서 도망친다. 당황한 교황청 대변인은 경비병에게 교황 행세를 대신하게 한다. 잃어버린 시간을 찾아 나선 교황은, 진실한 소망과 소명의 참다운 가치를 발견한다. 전세계인들이 고대해 온, 진정한 휴머니티와 감동이 이제 시작된다!