החטיפה של דה-סו התרחשה מול ביתו, שם הוא חי עד אותו יום בשלווה עם אשתו ובתו האהובה. הוא מוצא את עצמו בבית לא מוכר, במין כלא, ולומד מן הטלוויזיה שאשתו נרצחה באכזריות ושהוא חשוד ברצח. הוא מבלה חמש-עשרה שנים בחדר חשוך, מנסה לברוח ולהתאבד, אך לשווא. יום אחד, לפתע, הוא מוצא את עצמו חופשי. מאותו רגע ואילך דה-סו נחוש בדעתו לנקום באדם שעשה לו את הדבר הנורא הזה. בעזרת מידו הצעירה הוא מוצא אותו, אבל האדם משכנע אותו בהדרגה שאולי נעשה כאן צדק. הדרמה האפלה שנפרשת לפנינו היא מקורית, מורכבת ומהפנטת. המתח והמסתורין מגיעים לשיא במערכת היחסים בין דה-סו ומידו.
בעתיד הרחוק, האדם השמיד את העולם ב-"שבעת ימי האש". בעקבות זאת, שרדו רק כמה קבוצות קטנות של המין האנושי. אחת מהקבוצות האלו, ממלכה קטנה בהנהגת המלך ג'יל השוכנת בעמק הרוח, נאבקת על השרדותה כאשר אנשי העמק מתגוננים מיצורי אומו ענקיים וצמחים פולטי גזים רעילים הגודלים מעבר לעמק, במרחבי הישימון. העמק מותקף ע"י הצבא הטולמקי המבקש להשמיד את הישימון בעזרת הלוחם הכביר שפתח ב-"שבעת ימי האש", ואילו נסיכת העמק, נאוסיקה, מנסה דווקא להבין ולא להרוס את היערות הרעילים הגודלים בישימון.
יצירת מופת מאויירת להפליא ועמוסה בקטעי פעולה שכתב מאמורו אושיי (Ghost in the Shell, Avalon) וביים הירויוקי הוקייורה (אנימטור בכיר ב- Akira). יפן של שנות ה-50, האלימות גוברת ברחוב ובמשטרה. לוחם יחידה מובחרת לא מצליח למנוע פיגוע התאבדות של מחבלת, ומאחר שפניה נותרים חקוקים במוחו הוא יוצא למסע חיפושים אחר דמותה. כשהוא פוגש את אחותה הם נקלעים למאבק שמתחולל בין הטרור הבלתי מתפשר לבין יחידות המשטרה האלימות.
נער ביישן שמתבטא באמצעות שירי הייקו ונערה מלאת חיים אך הססנית נפגשים במקרה ומעבירים יחד קיץ קצר וקסום.
שנתיים אחרי שקלאוד וחבריו הצילו את העולם מידיו של ספירות', אזרחי הכוכב מתחילים לסבול ממחלה מוזרה, שנקראת "סיקון שוקוגון", או "גאוסטיגמה". הם מאמינים שהסיבה למחלה היא הגופות שנלחמו איתם והוחדרו אליהם שנתיים מוקדם יותר, בסוף "פיינל פנטזי 7". האשמה בליבו ורדוף מעברו, החייל לשעבר קלאוד סטרייפ מחליט לעזוב, להתבודד, ולחיות את חייו רחוק מכל חבריו, כאשר הוא ממשיך ב"שירות המשלוחים של סטרייפ", שהמטה שלה נמצא בר של טיפה לוקהארט, "גן העדן השביעי". הבר של טיפה משרת כבית יתומים לילדים שנגועים במחלה "גאוסטיגמה". טיפה שומרת על ביתו בת ה-6 של בארט, מרלין, כאשר הוא סורק את הפלנטה בכדי למצוא אנרגיה חלופית, במקום מאקו. יום אחד קלאוד מקבל טלפון מנשיא שינרה לשעבר, רופוס, המבקש ממנו עזרה והגנה מאדם מסתורי בשם קאדג'. בנתיים קאדג' ושני אחיו לוז ויאזו מחפשים אחרי "אימם", ג'נובה, והם מאמינים שקלאוד יודע איפה למצוא אותה, והם בדרך אליו. באותו זמן ווינסט משוטט בכוכב ואוסף חומר על קאדג' ותוכניתו, וקלאוד וחבריו חייבים להתאחד שוב בכדי להלחם באוייבים החדשים.
יפן, 1966. סאייה היא חלק מקבוצה סודית להשמדת שדים. היא נשלחת בחשאי בתור סטודנטית לבסיס האוויר יוקוטה אשר בפאסה-שי, טוקיו, קצת לפני ליל כל-הקדושים. היא מגלה ששניים מחבריה לכיתה הם ערפדים במסווה בדיוק כשהם מתכננים לתקוף את אחות ביה"ס; בינתיים, עמיתה מגלה עוד ערפד שמתחזה לברמן באיזור "החלונות האדומים" המקומי. וכתוצאה מכך, מתרחש קרב מרהיב-עין.
מלחמת העולם השניה הסתיימה עבור יפן בצורה דומה לגרמניה - יפן חולקה לצפון ודרום. בשיא המלחמה הקרה, כאשר גואים המתחים בין ברית המועצות לבין ארצות הברית בגלל מגדל משונה שהראשונים בנו לא הרחק מהגבול בין שני חלקי יפן, הירוקי וטאקויה יכולים לחשוב רק על שני דברים. האחד הוא חברתם לכיתה - סאווטרי סאיורי, והשני - המגדל הענק והמסתורי, אשר נראה כאילו נוגע בשמיים עצמם. בעודם שוקדים על תכנית שאפתנית לחצות את הגבול ולראות במו עיניהם את המגדל, השניים מבטיחים הבטחה לסאיורי. הבטחה שלאור המצב, ייתכן ולא יוכלו לקיים.