I dette action-eventyret møter vi for første gang Mewtwo, en Pokemon skapt ved hjelp av arvestoffer fra Mew, den legendariske Pokemon. Mewtwo er fast bestemt på å vise sin styrke, og greier å kure Ash, Picachu og de andre inn i en Pokemonkamp ingen har opplevd maken til. Mewtwo mot Mew. Super-kloningen mot Pokemon. det er det endelige oppgjør...og verden står på spill.

Alex og Chad er eneggede tvillinger som ble skilt som spedbarn og havnet på ulike sider av loven: Chad er kampsporttrener i LA, Alex er småskurk i Hong Kong. De forenes når de kommer på sporet av mannen som myrdet deres foreldre - men kan dette høyst umake paret få has på Hong Kongs mektigste mafiaboss? De to brødene finner hverandre, og Chad overbeviser Alex om at rivalen hans i Hong Kongs underverden også er mannen som sto bak foreldrenes død. Tvillingene setter snart ut for å ta hevn og vinne tilbake familiearven.