توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
لس‌آنجلس. گروهی تروریست اداره‌ی مرکزی جدیدالتأسیس یک شرکت ژاپنی را تصرف می‌کنند و مهمانان شرکت کنندگان در مهمانی شب سال نو را به گروگان می‌گیرند. در این جا «جان مکلین» (ویلیس) پلیس نیویورکی، نبردی یک تنه را علیه مهاجمان آغاز می‌کند.
در زندانی مجهز که در یک آزمایشگاه پژوهشی ساخته شده، ۲۰ مرد را در برابر دستمزدی ۴۰۰۰ مارکی گرد هم می آورند تا ۱۲ تن از آنها نقش زندانی و ۸ نفر دیگر نقش زندان بان را ایفا کنند. زندانی ها به سلول هایشان هدایت می شوند و باید به مقررات زندان گردن نهند و نگهبانان نیز به وظایف خود (بدون اعمال خشونت) عمل کنند.
اقتباسی از فیلم معروف موزیکال "داستان سمت غربی" که در 1957 ساخته شد. داستان در مورد عشق ممنوعه و دشمنی بین "ژتس" و "کوسه ها"، دو گروه نوجوان خیابانی است که پیش زمینه نژادی متفاوتی با یکدیگر دارند.
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
موجودات فضایی به زمین می آیند و تنها هدفشان نابودی و غارت است...
کامرون پو که یک تفنگدار با افتخار در ارتش امریکا می باشد پس از اینکه برای دفاع از همسرش در یک نزاع با فردی مست وی را به قتل می رساند محکوم به حبس می شود . پس از هشت سال او آزاد شده و برای دیدن همسر و دخترش که تاکنون او را ندیده است به خانه خواهد رفت . هواپیمایی که او را به مقصد می برد یک هواپیمای ترابری است که یکسری قاتلین و تبهکاران حرفه ای توسط آن به زندانی با امنیت بسیار بالا در لوسیانا منتقل می شوند . پس از یک نقشه موفقیت آمیز ، تبه کاران با رهبری( سایروس) موفق می شوند کنترل هواپیما را بدست بگیرند و آنرا بسمت لوس آنجلس ببرند تا از آنجا با یک هواپیمای دیگر به یک کشور خارجی بگریزند . مقامات عالی رتبه پلیس تصمیم دارند هواپیما را در هوا منهدم کنند اما یک مارشال پلیس به اسم (وینس لارکین) راه حل دیگری سراغ دارد که این راه حل متوقف کردن تبهکاران به کمک کامرون پو است...
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
«پیتر پارکر» (مگوایر) هنوز برای روزنامه‌ی «دیلی باگل» کار می‌کند و هنوز آماده است تا در هیئت «اسپایدر من» به کمک مردم بشتابد. تا این که یک توده‌ی سیاه رنگ ماورای زمینی خود را به بدن او می‌چسباند و «پیتر» را متوجه نیمه‌ی تاریک وجودش می‌کند. به این ترتیب یک «اسپایدر من» خشن و بی رحم پا به عرصه می‌گذارد...