Protagonista della dolorosa vicenda è un ragazzo di sedici anni, originario della Bielorussia, che vive la seconda guerra mondiale con lo strazio di un'adolescenza sprecata e la ferma convinzione che chi uccide deve pagare, perché nessuno ha il diritto di togliere la vita a un altro essere umano.

Charlie Oakley seduce ed uccide donne ricche per depredarle dei loro averi. Per far perdere le proprie tracce, si rifugia, senza apparente motivo, nella cittadina californiana di Santa Rosa, presso alcuni parenti. La nipote, scoperta la verità, rischia di diventare la sua prossima vittima.

Il film è suddiviso in due parti. La prima parte, Death, ed anche la più lunga, è un lungo montaggio di spezzoni della serie originale, atto a riassumerne i contenuti principali. Death termina la narrazione all'episodio 24, ovvero con la morte dell'ultimo angelo, Kaworu Nagisa, poiché gli episodi 25 e 26 verranno sostituiti dal film "Neon Genesis Evangelion: The end of Evangelion". Alla fine di Death vi sono anche la sigla di coda e un intervallo di cinque minuti prima dell'inizio della seconda parte Rebirth, la quale è più corta ma anche più interessante, poiché è da essa che Evangelion si avvia alla conclusione vera e propria. Rebirth è l'inizio del film "Neon Genesis Evangelion: The end of Evangelion" e sviluppa gli avvenimenti immediatamente successivi alla morte dell'ultimo angelo.

Una studentessa di nome Oshare scopre che suo padre, vedovo, sta per risposarsi. Inoltre, suo padre ha cancellato i programmi che padre e figlia avevano fatto per le vacanze estive allo scopo di stare vicino alla sua nuova ragazza, con la quale ha intenzione di sposarsi al più presto. Furente, Oshare decide di trascorrere l’estate dalla zia, sorella della madre, che non vede da quando era piccola. Insieme a Oshare, partiranno per queste vacanze anche sei sue amiche...

Madeline è un'adolescente che è praticamente prigioniera della propria casa da 17 anni in quanto affetta da una malattia rara che ha ridotto ai minimi termini le sue difese immunitarie. Un giorno un camion dei traslochi giunge nella sua via e Madeline, dalla finestra chiusa, vede per la prima volta Olly, il nuovo vicino. I loro sguardi si incrociano. Ha inizio così una storia d'amore che dovrà superare ostacoli che sembrano insormontabili.

L'adolescente Barbara Thorson, abbandonata dal padre in tenera età e con una madre gravemente malata, è quotidianamente vessata a scuola da un gruppo di bulle, che ne deridono l'aspetto e le abitudini stravaganti. Nel tentativo di fuggire alle difficoltà della vita, la giovane intraprende un viaggio avventuroso fuori e dentro di sè, combattendo in un mondo immaginifico popolato da giganti che vogliono distruggere l'umanità.

Ray, un ex giocatore di baseball costretto a ritirarsi per una malattia degenerativa, trasloca in una nuova casa con la moglie Eve, la figlia adolescente e il figlio minore. Con la speranza di tornare a giocare, Ray convince Eve che la piscina sul retro sarà l'ideale per i figli. Ma un oscuro segreto del passato della casa libererà una forza che trascinerà la famiglia nel terrore più profondo.