Oktoober 1993 saatsid Ameerika eliidi sõdurid ÜRO rahumissioonil Mogadishusse (Somaalia). Eesmärk on elusid päästa, mitte neid ära lõigata. Kuid selgub, et missiooni peamine eesmärk on sõjapealik Aididi tabamine ja sõja juurimine. Alguses tundub, et kõik läheb hästi, kuni kaks ilmselt nähtamatut võitmatu Black Hawki kopterit maha lastakse. Seejärel muutub missioon meeleheitlikuks võistluseks meeskonna ja maapealsete sõdurite päästmiseks, kes on õnnetuses lõksu jäänud või vigastada saanud.
Fionaga abielludes polnud Shrekil aimugi, et seetõttu peab ta ühel päeval võibolla kuningaks hakkama. Kui Shreki äiapapa, kuningas Harold korraga lahkub, ootab teda just see au. Välja arvatud juhul, kui Shrek (koos oma ustavate kaaslaste Eesli ja Saabastega Kassiga) leiaks enda asemele sobiva kuninga. Kõige lubavam kandidaat oleks Fiona nõbu Artie, keskkoolis õppiv ebakuninglik hädavares, kellest väärilise troonipärija kasvatamine näib olevat üks raskemaid ülesandeid, millega Shrek ja sõbrad eales silmitsi seisnud on.
Dr. Evil (Mike Myers) kasutab enda leiutatud "Ajamasinat" ning rändab tagasi aastasse 1969. Just sel aastal külmutati nii ta ise kui ka Austin Powers (ka Myers). Ajas rändamise eesmärgiks on varastada Powersile elutähtis Mojo, ilma milleta pole salaagendi elu enam sama. Kui Powers on teelt kõrvaldatud, ei segaks enam miski maailma vallutamast.