Black Book forteller historien om den unge kvinnen Rachel, som med nød og neppe overlevde nazistenes inntog i Holland, men måtte se sin familie bli drept. Fast bestemt på å komme morderne til livs, slutter hun seg til motstandsbevegelsen for å infiltrere det tyske hovedkvarteret i Holland. Med kvinnelist og sjarm lykkes det henne å komme helt inn på nazistenes toppledelse, og hun kan nå forberede det endelige oppgjøret med sin families bødler.

Året er 1945, og en amerikaner med tyske gener ankommer etterkrigstidens Tyskland. Onkelen hans finner ham en jobb som konduktør på en jernbanelinje. Ønsket hans er å være nøytral og hjelpe dette landet som sliter med dårlig samvittighet og dype sår, men han opplever isteden å bli brukt både av de allierte og den innflytelsesrike tyske familien som eier jernbanelinjen. Da han forelsker seg i jernbanemagnatens datter skjønner han at han ikke kan være nøytral lenger, og at tiden er inne for noen vanskelige valg.

En mystisk telefonoppringing. En jente forsvinner. En mørk og dyster mordgåte i byens harde kjerne av dop, narkolangere og andre kriminelle. Hovedpersonen Brendan virvles inn i en gåtefull og livsfarlig verden i sitt desperate forsøk på å løse gåten om kjærestens uforklarlige forsvinning - og for selv å overleve!