Gintoki, Shinpachi e Kagura sono stati assoldati per impedire ad un misterioso automa di registrare illegalmente dei film in un cinema. Gintoki, però, viene trasportato cinque anni nel futuro dal robot in questione, che si rivela essere una macchina del tempo costruita da Gengai. In questo futuro, Gintoki è morto e il pianeta è funestato da una misteriosa malattia chiamata "Peste Bianca".
Alcuni astronauti, risucchiati da un vortice, atterrano su un pianeta sconosciuto, dove scopriranno che le scimmie dominano gli altri esseri viventi, compresi gli umani, trattati alla stregua di schiavi.
Nel 3007, tre viscidi alieni nudisti riescono a prendere il controllo della Planet Express e dell'intero pianeta Terra, grazie all’inganno delle truffe su internet. Dopo aver scoperto sul sedere di Fry il segreto del viaggio nel tempo, obbligano Bender a rubare i più grandi tesori dell’umanità.
In una zona deserta dello Wyoming, nei pressi del famoso Picco del Diavolo (una curiosa formazione vulcanica citata in tutti i libri di geologia), il governo americano sta preparando segretamente una base di atterraggio per navi extraterrestri. Ma alcune persone dotate di percezione extrasensoriale si sentono attirate verso il Picco del Diavolo. Due di questi sensitivi, Roy, un elettrotecnico, e Jillian, una donna a cui gli extraterrestri hanno rapito il figlio, giungono all'appuntamento con l'astronave misteriosa. Il bambino rapito viene restituito e Roy sale sull'Ufo.
Doug Carlin è l’agente dell’ATF, sezione alcolici, tabacchi e armi da fuoco, incaricato di indagare sull’attentato terroristico che ha fatto esplodere e affondare un traghetto fluviale uccidendo centinaia di passeggeri. Lo stesso giorno, sulle rive del fiume viene rinvenuto il corpo senza vita di Claire Kuchever, una giovane donna che Doug sente di avere già conosciuto e amato perdutamente. Scoprirà presto che l’omicidio è collegato all’esplosione. Avvicinato da Pryzwarra, agente dell’FBI, Doug è reclutato per la durata dell’indagine da un’unità segreta altamente tecnologica che gestisce informazioni satellitari, registrazioni digitali che ricostruiscono e osservano gli avvenimenti passati. Convinto di investigare un passato finito e accaduto che gli permetterà di scovare l’attentatore, Doug scopre che la scienza ha piegato quel passato fino a costruire un ponte col presente. Difficile resistere a Claire e alla tentazione di alterare il corso degli eventi.
Dopo essere rimasto ibernato per trent'anni, il dottor Male si risveglia per continuare il suo piano che prevede la conquista del mondo. Ma insieme a lui viene fatto risvegliare anche l'agente speciale Austin Powers, l'unico che puň contrastarlo. Dopo qualche tentennamento Austin riuscirŕ a fermarlo prima che sia troppo tardi.
Mentre, nel 1999, sta trascorrendo la sua luna di miele Austin viene a scoprire che il Dottor Male si è fatto catapultare nei favolosi anni Sessanta. Il suo scopo principale è quello di impadronirsi della sua potente carica sessuale. Austin torna nel passato per tentare di salvare il suo mojo. In suo aiuto corre la sensuale agente della Cia, Felicity Ladà.
Peggy, assieme alla figlia ventenne, va ad una festa di ex studenti dove viene eletta reginetta. Dall'emozione Peggy sviene ritrovandosi nel 1960 ma con tutta l'esperienza degli anni trascorsi.
Dr. Evil e il suo Mini-Me scappano da una prigione di massima sicurezza per attuare il nuovo piano per dominare il mondo. Riuscirŕ Austin Powers a fermare per la terza volta il perfido Dr. Evil?
Nel 2029 Leo Davidson, uno dei componenti umani dell'equipaggio, viene risucchiato in un vortice spazio-temporale e finisce con il precipitare con la sua navicella su un pianeta in cui le scimmie parlano e dominano gli uomini che sono in loro totale balia. Le sue sole speranze risiedono nella simpatia che la scienziata Ari ha per i sottomessi. Davidson si mette così a capo di un gruppo di fuggiaschi che vengono implacabilmente braccati dalle truppe guidate dal generale Thade e dal suo braccio destro Attar.
Tom Merrick, un giornalista che ha vinto un importante premio, ora ha trovato lavoro in un quotidiano. Il reporter è sempre in cerca di uno scoop che gli faccia fare un ulteriore salto di qualità sul nuovo posto di lavoro. Un giorno, mentre sta preparando un articolo, scopre che in tutti i grandi disastri del ventesimo secolo, dall'inabissamento del Titanic, all'esplosione dell'Hindenburg si è sempre aggirato lo stesso uomo. La mattina successiva mentre sta aspettando ad imbarcarsi su un aereo di linea crede di riconoscere quell'uomo tra i passeggeri. Tom si accorge anche che due strani agenti che sembrano aver viaggiato nel tempo lo stanno seguendo.