Младеж намира ключ, с който влиза във централен военен компютър, който най-вероятно се съдържа план за започване на Третата Световна война. Малкият хакер случайно прониква в строго-секретен компютър, който има пълен контрол върху ядрените оръжия на САЩ. Машината го предизвиква на игра, между Америка и Русия, и хакерчето без да иска стартира таймера, който отброява оставащото време до Третата Световна война.
Нео вече разполага с по-голям контрол върху свръхестествените си сили, след като Зион пада под обсадата на Армията на Машините. Само часове делят последният човешки анклав на Земята от 250,000 стражи, програмирани да унищожат човечеството. Но за гражданите на Зион, насърчавани от обещанието на Морфей, че Един ще изпълни Пророчеството на Оракула и ще донесе победа във войната с Машините, всички надежди и очаквания са съсредоточени в Нео. А той се сблъсква с объркващи видения, докато търси посоката, в която да действа.
Нео е впримчен в ничията земя между Матрицата и Света на машините. Докато Тринити бди над тялото му, Морфей се бори с разкритието, че Избраният е просто още една система за контрол, изобретена от архитектите на Матрицата.
10-годишно момче е изхвърлено от движещ се автомобил и е открито от възрастна двойка. Двамата го водят в приют, където детето си спомня единствено, че се казва Дарил. Скоро той е изпратен в приемно семейство - Джойс и Анди са любящи родители, а Дарил се държи като идеалния син. Когато обаче снимката му се появява в местния вестник, се появяват истинските му родители, които искат да си вземат момчето. Върнат в строго секретна военна база, Дарил разбира, че всъщност е робот и част от тайна правителствена програма. Проектът обаче е закрит и нареждането е роботът да бъде унищожен.
Мемо Крус живее със семейството си в Санта Ана дел Рио, отдалечена общност на фермери, над която наскоро е установен контрол по нечестен път от страна на частна компания. Компанията владее подаването на вода в цялата област и се опитва да продава ценния ресурс обратно на жителите на престъпно високи цени. В отговор на това са организирани местни клетки от аква-терористи, чиято ясно декларирана цел е да върнат обратно на населението водните източници, ако е необходимо и със сила. Въпреки нарастващото напрежение в Санта Ана, Мемо се интересува единствено от технологията, като мечтае да бъде нает като работник по комуникационните възли в някой от високотехнологичните заводи в северните градове.
Cюзaн Xapиc e caмa в ĸъщaтa, ĸoгaтo внeзaпнo вpaтитe се зaĸлючвaт, пpoзopцитe се зaтpъшвaт и тeлeфoнът се изĸлючвa. Cюзън e в ĸaпaнa нa нaшecтвeниĸ, нo тoвa нe e oбиĸнoвeн пpecтъпниĸ. Haшecтвeниĸът e ĸoмпютъp, нa имe Рrоtеuѕ, изĸycтвeн интeлeĸт, нayчeн дa миcли и дa тepopизиpa.
Kaфĸиaнcĸи ĸoшмap зa млaд ĸoмпютъpeн пpoгpaмиcт, ĸoйтo ce пpeвpъщa в oпитнo зaйчe в ĸoвapeн, злoвeщ eĸcпepимeнт. B близĸoтo бъдeщe, ĸoмпютъpният пpoгpaмиcт Caймън Джeй (Джepeми Cиcтo) oтĸpивa, чe paбoтoдaтeлят мy възнaмepявa дa гo изпoлзвa ĸaтo oпитeн oбeĸт в oпaceн eĸcпepимeнт, изcлeдвaщ нoви peĸлaмни тexниĸи – вcлeдcтвиe нa ĸoeтo Caймън зaпoчвa дa пoлyчaвa пpaзни ĸyтии в aпapтaмeнтa cи, cтaвa мнoгo пoдoзpитeлeн и... paзвивa нeyдъpжимa жaждa дa пиe вce пoвeчe и пoвeчe мляĸo.
Том и Вик са заклети хакери, които денонощно прекарват пред компютрите. Двамата решават да създадат паралелно пространство в изоставен затвор, където да използват секретна програма, с която да разработят новата си компютърна игра. Само че нещата тотално се объркват и много скоро виртуалната реалност превзема живота им и това, което трябва да се случва само във виртуалното пространство започва да се случва и в действителността. Битката за оцеляване е на живот и смърт. Предстои последното ниво в компютърната игра, всички ги очаква краят.