컴퓨터 광인 데이빗(매튜 브로데릭 분)은 새로 출시되는 컴퓨터 게임 프로그램을 해킹으로 입수하려다가, 우발적으로 엉뚱하게 노래드(NORAD: 북미방공사령부)에 설치된 주컴퓨터로 들어가, 그안에 내장된 전쟁 게임 프로그램과 연결된다. 데이빗은 멋도 모르고 게임의 컴퓨터인 조슈아(Joshua)와 '범인류적 핵전쟁 게임'을 했다가 부모에게 불려나가게 되자 컴퓨터를 끈다. 그러나 이 시각에 노래드본부 사령실 수정궁에서는 난리가 난다. 데이빗의 게임 장난이 노래드 사령실 스크린에 마치 실황인 것처럼 나타났다 사라진 것이다. 원래 죠슈아는 노래드에서 가상 3차대전을 대비해 만든 전쟁수행계획반응(WOPR: War Operation Plan Response)이라는 컴퓨터 계획의 일부로 스스로 학습하는 컴퓨터 프로그램이다. 데이빗은 당국에 추적되어 노래드로 압송돼 온다. 그곳 방에서 데이빗은 자기가 게임을 중단했음에도 불구하고, 상대방인 조슈아 전쟁 게임을 계속하고 있음을 발견하고 깜짝놀란다. 게다가 노래드가 이 상황을 오해하고 실전조치를 취할 것임을 깨닫고 조슈아를 중단시켜야 함을 외치지만 어른들은 조슈아를 간첩으로 단정한다. 데이빗은 간신이 노래드 사령실을 탈출, 친구 제니퍼와 함께 조슈아 프로그램을 만들어낸 휠큰 교수를 찾아가 조슈아를 중단 시키도록 설득한다. 휠큰은 현재 진행 중인 스크린상의 전쟁이 환상임을 알려주며, 실전적인 대응을 하지 말라고 하나, 컴퓨터는 이미 인간들의 지령 수용을 스스로 거부한채, 발사 태세에 들어가 미사일 발사 암호 탐색을 하게 된다.

시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 터. 그러나 시온의 시민들은 오라클의 예언이 이루어져 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻고, 네오에게 모든 희망과 기대를 걸어보기로 한다. 서로에 대한 사랑의 힘으로, 스스로에 대한 믿음으로 용기를 얻은 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다.

포빈 박사는 적국의 대량 살상 무기 공격으로 부터 미국을 지켜줄 궁극의 슈퍼 컴퓨터 콜로서스를 개발하게 된다. 콜로서스는 적국의 공격에서도 살아 남을 수 있는 록키 산맥 안에 위치하고 인간들의 접근을 방지하기 위해 강한 방사능으로 둘러쳐지게 된다. 미 정부는 인간적인 감정이 없이 냉철하게 상황을 판단할 수 있다고 판단되는 이 슈퍼 컴퓨터에게 핵무기 사용 권리를 일임하게 된다. 적국의 일거수 일투족을 감시할 수 있는 이 컴퓨터의 개발에 사람들은 평화로운 미래를 보장 받는 듯하다. 그런데 갑자기 이 수퍼 컴퓨터가 인간의 통제를 벗어나기 시작한다.

진실을 찾는 여정에 한 걸음 더 접근하게 된 네오. 그러나 그 와중에 능력을 소진하고 매트릭스와 현실세계의 중간계를 떠돌게 된다. 한편 기계들이 인간말살을 목적으로 인류 최후의 보루 시온으로 침공해오자 인간들은 인류의 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다. 그러나 베인의 몸 속에 침투한 에이전트 스미스가 본 모습을 드러내면서 네오에게는 예기치 못한 변수가 생긴다. 매 순간 세력이 커져가면서 기계들의 통제권까지 벗어난 스미스는 현실 세계와 매트릭스는 물론 기계도시까지 말살할 야욕을 불태우고, 오라클은 네오에게 마지막 조언을 건네는데...

로보트에 인간 성장 호르몬과 영혼을 그대로 주입시킨 다릴(Daryl: 바렛 올리버 분)은 미신무기 전략 개발 연구소의 커다란 개가였다. 그러나, 다릴의 사용목적에 따른 대단한 혼란이 야기되자 국무성은 다릴을 폐기처분할 것을 명령하는데...

똑똑하지만 빈틈많은 건축기사 마일스. 아름다운 첼리스트 매들린. 호기심 덩어리 퍼스널 컴퓨터 에드가. 마일스가 우연히 들여온 퍼스널 컴퓨터, 놀라웁게도 그 컴퓨터는 연주도하고 생각도 하고 자신의 이름을 '에드가'라고 밝히기까지 한다. 마침내 마일스의 여자친구 매들린마저 빼앗으려고 하는데.

가까운 미래, 세상은 군인들에 의해 통제되고 있고 국경은 막혀있다. 사람들은 전 지구적인 디지털 네트워크를 통해 원격 노동을 하고, 이 네트워크는 사람들의 생활과 마음까지도 통제하고 있다. 이제, 과학기술이 구축해 놓은 사람들 사이의 장벽을 허물기 위한 주인공들의 목숨을 건 분투가 시작된다.

이성을 갖춘 컴퓨터 프로테우스가 결국 인간과 같이 자신의 2세를 만드는 이야기.

치바현의 마이하마미나미 고등학교에 다니는 소고루 쿄우는 소꿉 친구인 카미나기 료코나 싸움 동료의 악우들에 둘러싸여 혼자뿐인의 수영부를 재흥하기 위해서 분투하고 있었다. 나날의 생활에 작은 불가사의가 몇개나 겹쳐 이윽고 쿄우는 세계의 비밀을 깨달아 간다. 반복되는 일상... 그것은 확실히 루프 하는 세계였다. 실험장으로 세계를 변화시키고자 하는 갈즈오름과 영원한 여름에 갇힌 인류의 싸움은 단 하나의 희망, 빛의 갑옷 제가페인과 미사키 시즈노의 미소로 크게 변화한다.

흉악스런 연쇄 살인범 칼. 컴퓨터 엔지니어인 그는 훔친 주소록에 적혀있는 사람들을 살해하는 일명 '주소록 살인마'다. 어느 날 일하던 곳에서 테리 먼로의 수첩을 줍게 된 그는 테리의 가족과 그녀의 주소록에 있는 사람들을 다음 범행대상으로 정한다. 폭풍우가 치던 날 밤 테리와 그녀의 아들 조쉬를 살해하러 가던 그는 도중에 교통사고를 당하고, MRI 검사을 받던 중 번개가 내리쳐 순간적으로 엄청난 과전류가 흐르자 즉사하고 만다. 그러나 그 죽음은 도시를 온통 핏빛으로 만들기 위한 또 하나의 시작. 가까스로 환생한 칼의 영혼은 바이러스가 되어 네트워크를 통해 사방을 헤집고 다닌다. 컴퓨터 네트워크가 마비되고 통신이 교란되는가 하면 프로그램이 조작되는 등 그의 영혼은 해커로서의 악명을 드높인다. 뿐만아니라 전자렌지가 폭발하고 감전사나 누전으로 화재가 발생하는 등 곳곳에서 사람들이 죽어간다. 이들은 모두 테리의 주소록에 존재하던 인물들로 잔인한 살인해커 칼은 시시각각 테리의 목숨을 위협하고, 테리는 천재 해커인 브램 워커에게 도움을 청하는데...

자매인 헬리나(릴리안나 코코로우스카 분)와 알렉스(스티브 패리쉬 분)는 조실 부모하여 고아원에서 자란다. 그들이 스캐너라는 사실을 안 모네씨는 둘을 입양해서 친자식처럼 키워 성장시켰다. 똑같은 모네씨의 교육을 받고 자랐으면서, 헬리나는 욕심 많고 적극적인데 비해 오빠 알렉스는 매사에 신중하고 소극적인 편이었다. 어느해 크리스마스 파티 석상에서, 스캐너의 위력으로 실수로 가장 친한 친구 테일러를 죽인다. 수사 결과 과실로 인정되어 무죄가 판정 되나 양심의 가책을 느낀 알렉스는 자신의 힘을 조종할 수 있는 방법을 찾아 헤매던 끝에, 타일랜드에서 훌륭한 수도승을 만나 마음의 평화를 찾는다. 그동안 헬리나는, 아버지 모네씨가 새로 개발해서 시험 중인 신제품 델-3이라는, 스캐너가 겪는 두통제거제를 몰래 쓰면서, 스캐너들을 학대해온 사회에 전쟁을 선포하고, 자신의 야망에 방해가 되는 사람은, 심지어 모네씨 마져도 없애고, 아버지의 회사를 인수, 스캐너들을 거느리고, 위성중계되어 전 세계로 나가는 TV를 이용해서, 세계제패의 음모를 꾸민다. 이에 의분을 느낀 알렉스는 미국으로 돌아와 헬리나를 꺾고, 다시 평화를 유지하는데 성공한다.

폭발사고로 중상을 입은 조브는 코리 박사의 치료를 받고 다리를 잃은 채 가상현실 속에서 위안을 찾는다. 한편, 가상현실의 최고 권위자인 트레이스 박사는 가상현실의 핵이자 가공할 위력을 지닌 카이론 칩을 만들던 도중 투자단에게 특허를 빼앗기고 초야에 묻힌다. 이 카이론 칩의 특허를 손에 넣은 사람은 조나단 워커로, 그는 코리 박사와 조브를 수하에 두고 버추얼 라이트라는 연구소를 운영하며 전 세계 모든 시스템의 통합과 장악을 꿈꾼다. 조브는 개발이 중단된 카이론 칩의 핵심인 이집트 링크의 정체를 파악하기 위해 자신이 잔디 깎이로 있던 집의 어린 아들인 피터를 찾게 되고, 피터가 은신 중인 트레이스 박사를 찾아 나서는데…