북대서양을 항해하던 무역선이 정체 불명의 바다괴물에게 공격당한다. 백만장자 휘트모어와 그의 아틀란티스 탐험대는 이 사고가 아틀란티스의 입구를 지키는 레비아탄의 소행일 것이라 추측하고 다시 아틀란티스를 찾는다. 제국의 재건을 돕기 위해 아틀란티스에 남았던 마일로는 오랜만에 찾아온 옛 동료들을 반갑게 맞지만, 사건의 정황을 듣고는 곧 심각한 걱정에 빠진다. 비록 레비아탄은 여전히 자신의 위치를 지키고 있었지만, 아틀란티스의 심장인 크리스탈의 부활로 인해 다른 곳에서 잠자고 있던 아틀란티스의 병기가 되살아났을 수도 있기 때문이다. 마일로와 키다는 함께 지상으로 나가 사태를 정확히 파악하고자 한다. 괴물이 나타났다는 바다 근처를 항해하고 있을 때, 예의 바다 괴물이 마일로 일행을 공격해온다. 소형 잠수정으로 탈출한 이들은 운좋게 목숨을 구하지만, 파도에 떠밀려 안개 자욱한 섬에 이르게 된다. 그곳의 지도자처럼 보이는 노인 볼거드는 그들을 숙소로 안내하지만, 배를 수리하는 대로 떠날 것을 종용하는 등 의심스런 태도를 보인다.

부그(마틴 로렌스)는 400kg가 넘는 엄청난 덩치와는 달리 산악관리인 베스가 키우는 바람에 야성을 잊어버린 귀차니스트 야생곰. TV와 쿠키를 좋아하고 안락한 생활에 젖어있던 부그는 우연히 포악한 사냥꾼 쇼(게리 시니즈)에게 잡혀 사경을 헤매던 사슴 엘리엇(애쉬톤 커쳐)을 구해주면서 상상도 못했던 모험에 동참하게 된다. 집보다 야생생활이 훨씬 짜릿하다는 엘리엇의 유혹에 넘어간 부그는 ‘야생곰한텐 너무도 거친 숲속 생활’에 내던져지고, 초강력 개성파 야생동물들한테도 적응하기 힘든 마당에 사냥시즌까지 시작되기에 이른다. 이제 부그는 밉지만 미워할 수 없는 엘리엇과 다른 동물들과 함께 살아남기 위한 반격을 시작하는데…