L'Armée de la Croix noire projette d'envahir le monde. Mais le commandant Gonpachi Edogawa décide alors de former une équipe à laquelle est confiée la tâche de lutter contre cette menace.
Deux ans après les événements de Kamen Rider: THE FIRST, une série de meurtres étranges attirent l’attention de Takeshi Hongo, devenu professeur de sciences dans un lycée. Les morts sont en effet retrouvés mutilés alors qu’il semblaient écouter la pop star Chiharu avec son titre « Platinum Smile », et il se trouve qu’une des élèves de Hongo, Kotomi Kikuma, était une des meilleures amies de Chiharu et qu’elle commence a se faire beaucoup de soucis pour elle. Hayato Ichimonji quant à lui, s’affaiblit de plus en plus car son corps rejettes les implants cybernétiques qui on fait de lui Kamen Rider 2. Apres quelques péripéties, Hongo et Kotomi décident de partir a la recherche du frère aîné de Chiharu, Shiro Kazami, mais ce qu’ils ne savent pas, c’est qu’il est un Humanoid a la solde du Shocker connu sous le nom de code « V3″…
Le monde est en proie à une organisation du nom de Shocker qui utilise des hommes génétiquement modifiés afin de mettre à exécution leurs vils projets ! Un jour, un jeune homme nommé Takeshi Hongo est attrapé par cette société et transformé en "Hopper", mais durant une mission terroriste il retrouve son humanité et décide de se rebeller contre les Shocker... C'est ainsi que nait le tout premier Kamen Rider !!!
Se déroulant après la fin de la série, Doubutsu Sentai Zyuohger Returns se concentrera sur les Zyumans et les humains qui coexistent pacifiquement sur Terre. Il est alors décidé qu'ils auront une bataille pour déterminer qui gouvernera la Terre, mais un réel danger se cache dans l'ombre.
Les membres de l'escadron Denziman enquêtent sur de récentes disparitions impliquant un monstre marin et découvrent une nouvelle machination du clan Vader visant à retrouver des descendants du peuple Denzi venus sur Terre il y a 3000 ans afin de s'emparer de la Pierre Arc-en-ciel, un joyau refermant une grande puissance.
Des scientifiques partent en mission sur la planète Mars, mais une soucoupe volante quelque peu belliqueuse les force à rebrousser chemin. De retour sur Terre, ils réalisent qu'ils ont malencontreusement ramené de l'espace une créature surpuissante, qui ravagera tout sur son passage.