L'impresario Kumayama esibisce alla curiosità della gente un gigantesco uovo rivenuto da alcuni pescatori sulla spiaggia di un'isola dopo una violenta tempesta. Egli non sa che l'uovo è sacro per gli abitanti della favolosa Infant Island, esseri di piccolissime dimensioni che venerano la dea falena Mothra e che guardano con ostilità gli uomini, colpevoli, tra l'altro, di inquinare l'ambiente con gli esperimenti atomici. Quando le Sobijin, due fate gemelle, vengono da Infant Island a reclamare l'uovo, Kumayama pensa di aggiungere anche loro alla sua attrazione e tenta di catturarle. Riuscite a fuggire e trovato rifugio in una foresta, diventano amiche di due giornalisti e di uno scienziato "buono" che stanno organizzando un servizio fotografico. Gli uomini promettono di aiutare le due piccole straniere, ma quando stanno per tornare in città scorgono l'immensa mole di Godzilla: il mostro atomico...

Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...

Mr. Tako, presidente di un'industria farmaceutica giapponese, viene a sapere dell'esistenza di una sorta di grossa bacca che cresce sull'isola di Farou e che avrebbe effetti curativi miracolosi. Non solo: pare anche che i nativi adorino un enorme scimmione chiamato King Kong, che nella mente perversa di Tako appare già come il testimonial ideale per i suoi prodotti. Trasferito a Tokyo, King Kong dovrà vedersela col mostro Godzilla, riportato accidentalmente in vita da un cataclisma...

Seconda guerra mondiale. In Germania alcuni scienziati hanno ideato un progetto per creare una sorta di superuomo da usare contro gli eserciti nemici. Tuttavia il progetto viene rubato dai giapponesi e diversi anni dopo iniziano a crearlo. Per un errore, i pezzi con il quale costruiscono la creatura vengono colpiti dalle radiazioni e le parti si assemblano componendo Il mostro di Frankenstein che, per via della mutazione, cresce a dismisura. Nel frattempo degli archeologi scoprono in un tempio maledetto l'esistenza di un gigantesco mostro, Baragon, che inizia ad attaccare il Giappone. I giapponesi vorrebbero inizialmente distruggere la creatura di Frankenstein, ma poi optano per un'altra soluzione: farlo combattere contro Baragon per sconfiggerlo. La creatura scappa e si incrocia con Baragon: vi è uno scontro violento tra i due nel quale Frankenstein sconfigge Baragon, ma alla fine i due cadono in una crepa finendo a mare.

Il giovane Ryota non si rassegna alla scomparsa del fratello Yata, dato per disperso dopo una tempesta. Va a cercarlo con una barca, che a causa di una tempesta fa naufragio su un'isola. Qui Ryota scopre che l'organizzazione dei Bamboo Rossi tiene in schiavitù gli abitanti di Infant Island e per tenere lontani i curiosi dall'isola, usano un mostro: Ebirah, un astice gigantesco. Ryota allora raggiunge Infant Island e si ricongiunge con Yata, salvato dagli isolani. I due fratelli trovano sull'isola Godzilla in una sorta di letargo. Decidono per aiutare gli isolani, di risvegliarlo (piantandoli una sciabola nella schiena che viene colpita da un fulmine) per combattere Ebirah e i Bamboo Rossi...