지구 시각 2673년 3월 26일, 삭막해진 세상에 모든 미련을 버린 테일러 일행을 태운 우주선이 1년 6개월만에 어느 행성의 바다에 불시착한다. 그들은 이곳이 지구에서 320광년 떨어져 있고, 오리온좌의 태양 주위를 돌고 있는 어느 이름 모를 행성으로 추측한다. 행성의 생명체 유무를 위해 사막 위의 긴나긴 탐사 여행을 하던 그들은 곧 원시인의 무리를 발견하지만, 곧 말을 타고 총을 쏘아대는 원숭이들 무리에 쫓기게 된다. 이 행성은 바로 원숭이들의 지배 하에 있었고, 인간의 모습과 거의 비슷한 원시인들은 야생 동물처럼 살고 있었다.

1997년 크리스마스 이브. 마드리드에 사는 수백만 명의 시민들은 크리스마스 분위기에 들떠있다. 하지만 이 모든 사람들은 어둠 속에서 잉태하려는 악마의 출현에 무방비 상태로 놓여있다. 앤젤 베라투아 신부는 신학자로서 25년간 대학에서 요한 계시록을 연구해왔다. 마침내 그는 요한 계시록에 숨어있는 세계 종말의 메시지를 찾아내게 된다. 그것은 1997년 크리스마스 새벽에 마드리드에서 적 그리스도가 태어날 것이라는 메시지였다. 그러나 신부는 적그리스도가 태어나는 시간만을 알아냈을 뿐 장소는 알지 못한다. 그는 사탄과의 만남을 위해 임시방편으로 스스로 악의 길로 접어드는데...

샌프란시스코에 내리는 비에 섞여 외계 식물의 씨가 떨어지고, 이 씨들이 분홍색의 예쁜 꽃을 피우는 꽃식물로 자라나 사람들의 몸을 복제하기 시작한다. 이 외계식물은 사람이 잠든 사이에 그 몸은 물론 정신과 기억까지 완전하게 복제하여, 복제 당한 사람과 똑같이 생겼으나 사실은 전혀 다른 존재인 복제인을 만들어낸다. 샌프란시스코 공중위생부에 근무하는 엘리자베스도 퇴근 길에 그 꽃 한 송이를 따들고 들어와 침실 꽃병에 꽂은 것이 화근이 되어 그날밤 그녀의 남편 제프리가 복제 당한다.

레이 페리어는 이혼한 항만 근로자로 아무런 희망 없이 매일을 살아간다. 그러던 어느 주말, 그의 전 부인은 아들 로비와 어린 딸 레이첼과 주말을 보내라고 레이에게 맡긴다. 그리곤 얼마 안 있어 강력한 번개가 내리친다. 잠시 후, 레이는 그의 집 근처에 있는 교차로에서 그들의 삶을 영원히 바꾸어버릴 엄청난 사건을 목격하게 된다. 커다랗고 다리가 셋 달린 정체 불명의 괴물이 땅속 깊은 곳에서 나타나 사람들이 미처 반응도 하기 전에 모든 것을 재로 만들었다. 평범했던 하루가 갑자기 외부의 알 수 없는 침략자들의 첫 번째 지구 공격으로 그들 인생에서 가장 엄청난 사건이 일어난 날이 되어버린 것이다. 레이는 그의 아이들을 이 무자비한 새로운 적들로부터 보호하기 위해 급히 피난을 떠나, 파괴되고 황폐해진 도시를 가로지르는 여정에 오른다. 거기서 그들은 침략자들을 피하기 위해 필사적으로 도망치는 피난민들을 만나 합류하게 된다. 그러나 그들이 어디로 가든지 안전한 곳은 없고, 피난처도 없다. 단지 소중한 사람을 지켜내겠다는 레이의 확고한 의지만 존재 할 뿐인데…..

궤도를 이탈한 달이 지구를 향해 떨어지기 시작하면서 지구의 중력과 모든 물리적인 법칙이 붕괴된다. 거대한 해일과 지진, 화산폭발, 쓰나미와 이상기후까지 상상조차 불가능했던 모든 재난으로 전 세계는 공포와 혼란에 빠진다. 달과 충돌까지 남은 시간은 단 30일. NASA 연구원 파울러, 전직 우주 비행사 브라이언, 그리고 우주 덕후 KC는 달을 막을 방법을 찾기 위해 마지막 우주선에 오른다.

페레즈 장군이 지휘하는 연방군 의학탐사선 아우리가호는 에일리언과의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이와 함께 복제된 퀸 에일리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 에일리언을 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 것. 한편 리플리 또한 에일리언과의 유전자 결합으로 본능이 극대화된 뜻하지 않은 결과로 과학자들을 고무시키고, 페레즈 장군은 단지 에일리언을 재생하기 위한 부산물에 불과한 리플리를 두고 갈등한다.

흑인 마을 하이티(Haiti)의 해변에 웬 백인 남자가 걷고 있다. 이때 바닷물고기들이 떼죽음을 당하고 한 소년이 물고기를 만지자 뜨거워한다. 이어 아스라엘 네게브 사막(Negev Desert, Israel). 성경 요한 계시록을 바탕으로 세상 종말을 암시한 예언극. 온 세상이 이상 기온으로, 혹은 인간끼리의 살인으로 종말을 향해 치닫는다. 이때 한 사나이가 있었으니 이름하여 하숙인. 그가 뉴욕에 나타나, 애비와 러쎌퀸 내외가 사는 아파트 윗 층에 살게 된다. 그는 만삭인 애비에게 아이는 산모에게서 나오지만 영혼 없는 아이로 사산될 것이라는 어이없는 말을 건낸다. 하숙인과 접촉으로 일곱가지 징조 중에서 이미 네가지가 이루어졌으며, 애비의 남편이 구명 운동을 벌이고 있는 하나님의 말씀을 위해 죽은 인간의 처형이 다섯번째이고 그후 영혼 없는 아이가 태어나는 것이 여섯번째 징조라는 것을 알았을때 애비와 러쎌은 소스라쳐 놀란다.

고대 마야 문명에서부터 끊임없이 회자되어 온 인류 멸망. 2012년, 저명한 과학자들은 오랜 연구 끝에 실제로 멸망의 시기가 다가오고 있음을 감지하고 각국 정부에 이 사실을 알린다. 그리고 곧 고대인들의 예언대로 전세계 곳곳에서는 지진, 화산 폭발, 거대한 해일 등 각종 자연 재해들이 발생해 그 누구도 막을 수 없는 최후의 순간이 도래한다. 한편, 이혼 후 가족과 떨어져 살던 소설가 잭슨 커티스(존 쿠삭)는 인류 멸망에 대비해 진행되어 왔던 정부의 비밀 계획을 알아차리고 가족과 함께 살아남기 위한 필사의 사투를 벌이는데…