후지요키다이 고등학교 1학년인 아사나카 요모기는 어느 날 자신을 괴수술사라고 칭하는 수수께끼의 남자 가우마와 만나게 된다. 돌연 나타난 괴수와 거대로봇 다이나제논. 마침 현장에 있었던 미나미 유메, 야마나카 코요미, 아스카가와 치세도 함께 괴수와의 싸움에 휘말리게 되었는데...

츠츠지다이에 사는 고등학교 1학년 히비키 유타는, 어느 날 눈을 뜨고 자신이 기억상실에 걸렸음을 깨닫는다. 뭔가 어긋난 듯한 기분 속에서 유타는 낡은 PC에 비치는 하이퍼 에이전트, '그리드맨'과 만난다. 사명을 다하라는 그리드맨의 말을 들은 유타는 갑작스런 일에 당황하면서도, 그 말의 의미를 고민하며 같은 반 친구인 우츠미 쇼, 타카라다 릿카, 신죠 아카네의 도움을 받아 하루하루를 보낸다. 하지만 그 평온한 날들은, 갑자기 나타난 괴수에 의해 너무나도 간단히 짓밟혔다.