قرن 23 است. کشتی ستاره ای فدراسیون ایالات متحده آمریکا اینترپرایز در حال انجام مانورهای آموزشی معمولی است و دریاسالار جیمز تی کرک به نظر می رسد از این واقعیت که این بازرسی آخرین ماموریت فضایی دوران حرفه ای او باشد، ناامید شده است. اما خان برگشته است. خان - مرتد درخشان زمین قرن بیستم - با کمک گروه تبعیدی خود از ابرمردان ژنتیکی، به ایستگاه فضایی رگولا یک حمله کرد، یک دستگاه فوق محرمانه به نام پروژه پیدایش را دزدید، کنترل کشتی ستاره دیگری فدراسیون را به دست گرفت و در تعقیب اینترپرایز تصمیم گرفت. اجازه نمی دهد هیچ چیز مانع از انجام مأموریت او شود: دریاسالار کرک را بکشد... حتی اگر به معنای آرماگدون جهانی باشد.
موجودهای فضایی بیش از بیست سال است که با سفینه‌ای بزرگ به زمین آمده‌اند و آن را بر فراز حومه شهر ژوهانسبورگ پایتخت آفریقای جنوبی به حالت ایستاده در هوا نگه داشته‌اند. در سال اول ورودشان مردم زمین منتظر حمله فضاییان یا پیشرفت بزرگی در فناوری به خاطر تماس با آنها هستند. اما هیچ‌یک از این دو اتفاق نیفتاد و فضاپیمای آنها همچنان تا ماه‌ها در آسمان بی‌حرکت می‌ماند تا اینکه پس از ماه‌ها جامعه جهانی تصمیم به گشودن درهای فضاپیما می‌کند. آنها فضای درون فضاپیما را مملو از موجودات فضایی می‌یابند که دچار فقر و مریضی هستند. هیچکس توضیحی برای اینکه به چه دلیل دچار چنین سرنوشتی شده‌اند نمی‌یابد تا اینکه ...