Nell'ex Unione Sovietica il dissidente Radcenko occupa una base atomica, minacciando di lanciare missili contro gli Stati Uniti e il Giappone se l'Occidente dovesse intervenire in aiuto del governo. Il sommergibile americano USS Alabama, capitanato da Frank Ramsey, si reca quindi presso la base atomica russa...
Nei mari della Groenlandia il capitano di un cacciatorpediniere USA dà la caccia a un sommergibile non identificato (presumibilmente sovietico), disposto a scatenare un conflitto atomico. Vigoroso, teso, efficiente dramma marinaresco sulla guerra fredda di taglio antimilitarista dove si mescolano i temi di Il dottor Stranamore e di L'ammutinamento del Caine. Recitazione di classe.
Nonostante il titolo del film richiami il nome di King Kong, egli non compare realmente nella storia e non è protagonista; il personaggio principale è invece il Titano-Kong. Gli alieni sono nuovamente intenzionati a conquistare la Terra, utilizzando Titanosaurus e una nuova versione del Mechagodzilla. Titano-Kong è stato scoperto dal dottor Mafune, che collabora con gli alieni in quanto essi hanno riportato in vita come cyborg la figlia dello scienziato, Katsura, impiantandole nel cervello i comandi dei due mostri. Titanosauro e MechaGodzilla attaccano Yokosuka, che viene difesa da Godzilla. Ma i due avversari sono troppo forti per Godzilla, che viene sconfitto...
Milo e la sua nuova moglie Kida vengono avvertiti dall'esploratore Preston della presenza di mostri in grado di distruggere il continente sommerso. Il ragazzo fa di tutto per interrompere il processo di devastazione, incluso intraprendere un viaggio verso l'Islanda, l'Arizona e la Norvegia.
A Bletchley Park, un castello non lontano da Londra, si insediano i massimi cervelli inglesi, scienziati, matematici, agenti segreti. Uno dei compiti più importanti è quello di decifrare l'Enigma, il nuovo codice di comunicazione del sommergibili tedeschi. Se non ci riusciranno la guerra - siamo nel 1943- potrebbe essere perduta. La ricerca è complicata dal "fattore umano": gelosie e sentimenti vari.
James Ferraday, comandante del "Tigerfish", un sommergibile nucleare americano, riceve l'ordine di intervenire in soccorso della "Base artica Zebra", una stazione meteorologica inglese situata al Polo Nord. Costretto a imbarcare due civili e un gruppo di marines il comandante ha ragione di ritenere che si tratti di qualcosa di diverso da una missione di salvataggio. Infatti nella zona è caduto un satellite sovietico con a bordo preziosissime informazioni per la Cia. Solo che anche i russi non sono stati a guardare...
Nell'arcipelago delle Bermude, una coppia si trova coinvolta in una caccia al tesoro subacquea.
Nel corso della prima guerra mondiale un sommergibile tedesco U-Boot affonda un mercantile britannico. I naufraghi del mercantile vengono presi a bordo e riescono ad impadronirsi del sommergibile, che però viene dirottato da un ufficiale tedesco che manomette la bussola. Il sommergibile giunge così ad una isola sconosciuta, chiamata Caprona, nei pressi dell'Antartide, rimasta allo stadio primitivo e popolata da dinosauri, animali preistorici e tribù di cavernicoli. Dopo la cattura di una ragazza dell'equipaggio, il protagonista Bowen Tyler raggiungerà la tribù di cavernicoli per riprendersi Lisa, ma l'eruzione di un vulcano distruggerà il loro sommergibile, lasciandoli a Caprona, senza via d'uscita.
A seguito di un naufragio, il tenente medico De Ros cade nelle mani di un losco che, con l'aiuto di uno scienziato prigioniero, ha creato uomini pesce per il recupero del tesoro di Atlantide.
Dani e Sebastian sono una giovane coppia che vive alle Hawaii e accompagna i turisti in immersioni subacquee nella barriera corallina. Il loro sogno è quello di ritrovare il relitto di una nave affondata nel Seicento recuperandone i tesori che, anche dopo la parte lasciata allo Stato, offrirebbero loro la realizzazione di tutti i sogni. Si trovano però a dover accompagnare due sedicenti turisti che si rivelano interessati al ritrovamento di due casse contenenti, a loro dire, parte del tesoro di Saddam Hussein trafugato nel corso della guerra in Iraq. In realtà ciò che si trova in fondo al mare è di ben altra natura.
Un satellite della Nasa ed altre stazioni dell'emisfero australe captano un radiosegnale sconosciuto la cui fonte sembra essere un oggetto imprigionato nei ghiacci dell'Antartide. La registrazione del segnale perviene al dottor Julian Rome che ne riconosce subito l'origine artificiale, e viene inviato sul posto per una indagine più approfondita. Nella base-laboratorio di Rundell Peak, dove è stato trasportato l'oggetto, Rome ritrova la sua ex moglie Kate Brecher che si occupa di ingegneria genetica. In breve, Rome riesce a decodificare il messaggio, e scopre che è una richiesta di soccorso e di un allarme, che avverte di non aprire la bio-capsula, all'interno della quale giace in animazione sospesa uno dei due alieni precipitati sulla Terra (l'altro è caduto a Roswell). Ma è troppo tardi: l'involucro è stato aperto, l'extraterrestre si è risvegliato e l'agente patogeno letale di cui è portatore comincia a mietere vittime tra il personale.
Un sottomarino sperimentale, il "Siren II", viene inviato a scoprire cosa è successo al suo predecessore "Siren I", misteriosamente scomparso all'interno di spaccatura oceanica. L'equipaggio non può immaginare cosa si nasconde negli abissi.
Un misterioso campo magnetico attira un branco di feroci squali bianchi nel Triangolo delle Bermuda mettendo in pericolo l'equipaggio della base sottomarina "Oshona" dislocata in quelle acque per effettuare rilevazioni scientifiche. Nel tentativo di salvare la moglie Linda intrappolata nel laboratorio, il dottor Mike Olsen ottiene aiuto dal capitano Riley e dal suo sommergibile, ma le operazioni di soccorso rischiano di essere vanificate dall'arrivo di Ben Stiles, agente di una sezione speciale dei servizi segreti, incaricato di fare in modo che l'accaduto rimanga "top secret" e di scoprire la sorgente radioattiva la cui energia potrebbe in futuro essere utilmente sfruttata per scopi militari... Nel cielo, intanto, un'astronave aliena attende il momento opportuno per entrare in scena: l'origine dell'insolita energia è, infatti, un contenitore di cristalli sconosciuti che, anni prima, due UFO in volo nell'orbita terrestre hanno perduto a causa di un'accidentale collisione..
L'Air Force One, l'aereo presidenziale americano, precipita a causa di una tempesta nella zona del Triangolo delle Bermuda. La Marina degli Stati Uniti ha il compito di trovare la capsula di salvataggio che ospita il Presidente ma una gigantesca creatura tentacolare, che riemerge dal fondo dell'oceano, attacca i soccorritori.