En overmodig ung romvesen tar eksamen i bortføring bak kontrollene på et romskip, der han må forsøke å bortføre en sovende bonde, under de vaktsomme øynene til instruktøren hans.

Mens SG-1 ser på at Ba'al skal bli henrettet, den eneste gjenlevende av Goa'ulds systemherrer, forsvinner plutselig Vala og Teal'c i løse luften. Carter, Daniel og Mitchell drar tilbake til en forandret verden der Stargate-programmet ikke eksisterer. Mens de prøver å overbevise myndighetene om hva som har skjedd kommer hundrevis av Goa'uld morskip i bane rundt jorden. De ledes av Ba'al, hans dronning Qetesh (Vala), og hans første prime Teal'c. De gjenværende medlemmene av SG-1 må finne Stargaten og gjøre ting riktig igjen før Goa'uldene tar over.

Denne spennende spillefilmen tar opp tråden der tv-serien "Stargate SG-1" sluttet. Portallaget, som består av Daniel Jackson (Michael Shanks), Vala (Claudia Black), Teal'c (Christopher Judge), Sam (Amanda Tapping) og Cam (Ben Browder) kastes ut i sitt til nå mest fantastiske eventyr. I jakten på et av De gamles apparater som de håper kan overvinne de undertrykkende oriene, oppdager laget at oriene har planlagt et fullt angrep på Jorden, og at en dobbeltagent er om bord på Odyssey!