Rikospoliisi Jim Gordonin ja piirisyyttäjä Harvey Dentin avulla Batman yrittää tuhota mafian Gothamissa lopullisesti. Kolmikon yhteistyö osoittautuu tehokkaaksi, mutta pian he huomaavat joutuneensa Jokeri-nimisen nousevan rikollisneron saaliiksi. Jokeri syöksee Gothamin anarkian valtaan ja pakottaa Batmanin tasapainoilemaan sankarin ja oman käden oikeuteen turvautuvan järjestyksenvalvojan häilyvällä rajalla.
Marvel-sarjakuvien legendaarinen supersankari Iron Man siirtyy paperilta valkokankaalle. Upporikas teollisuusmies ja keksijä Tony Stark kidnapataan ja hänet pakotetaan keksimään kaikkien aikojen tuhoaseen. Aseen sijasta hän älyään ja kekseliäisyyttään käyttäen tekeekin huipputeknisen panssaripuvun, jonka turvin hän pakenee vankilastaan. Paljastettuaan ilkeän, koko maailmaan kohdistuvan juonen, Tony pukeutuu jälleen haarniskaansa ja vannoo suojelevansa maailmaa Iron Manina.
Kätilö Anna on sattumalta saanut todisteita Lontoon pahamaineista venäläismafiaa vastaan. Kun mafian uusi jäsen Nikolai tapaa Annan, käynnistyy väistämätön tapahtumaketju sykähdyttävässä tarinassa, joka on täynnä murhia, salaisuuksia ja petoksia.
Peter Parker on koulukiusattu silmälasipäinen lukiolaisnörtti, joka on ihastunut kauniiseen Mary Janeen. Kun Peterin luokka on luokkaretkellä tutkimuslaitoksessa, häntä puraisee geenimanipuloitu hämähäkki. Pian Peter huomaa että hänellä on omituisia kykyjä, muun muassa hämähäkin nopeus, voima ja ketteryys. Peter päättää ansaita rahaa uusilla kyvyillään, ja aloittaa uuden uran show-painijana, jossa pääpalkintona on 3 000 dollaria 3 minuutista kehässä. Peter saa vain 100, koska oli vain 2 minuuttia. Hetken päästä paikka ryöstetään ja Peter päästää rosvon karkuun. Rosvo ampuu hänen Ben-setäänsä ja tämä kuolee. Siitä hetkestä lähtien Peter päättää käyttää uusia kykyjään maailman pahuutta vastaan. Toisaalla Peterin kaverin, Harryn isä, Norman Osborn tulee hulluksi eräässä kokeessa. Osbornista tulee Hämähäkkimiehen päävihollinen Vihreä Menninkäinen.
Peter Parker päättää luopua Hämähäkkimiehen trikoista, koska rikollisia vastaan taistelu haittaa pahasti hänen omaa elämäänsä: Mary Jane on kihloissa toisen miehen kanssa, opinnot eivät suju odotetusti ja hanttihommatkin tyssäävät jatkuvasti potkuihin. Kun tiedemies Otto Octavius saa superrikollisen voimat pieleen menneen kokeen seurauksena, Peterin on päätettävä, pitäisikö Hämähäkkimiehen sittenkin palata taistelemaan oikeuden puolesta.
Yli 30 vuoden ajan MEN IN BLACK - MIEHET MUSTISSA ovat tarkkailleet avaruusolioiden toimintaa maapallolla. Heidän työnantajansa on epävirallinen mutta avokätisesti rahoitettu hallituksen toimisto, joka tarjoaa galaksien välisiä maahanmuuttopalveluja ja valvoo avaruudesta peräisin olevaa toimintaa Maassa - kaikki visusti suuren yleisön tietämättömissä. Rutiinitutkimusta suorittaessaan MIB-veteraaniagentti K törmää nuoreen newyorkilaiseen poliisiin, jonka hän värvää salaisiin valiojoukkoihin. Tutkiessaan avaruusolioista tehtyjen havaintojen sarjaa MIB-agentit saavat vihiä erään intergalaktisen terroristin hengenvaarallisesta juonesta salamurhata kaksi vihollisgalaksin lähettilästä, jotka pitävät majaa New Yorkissa. Estääkseen maailmojen välisen sodan K:n ja J:n on napattava terroristi, ennen kuin koko planeetta tuhoutuu taistelun tuoksinassa. He ovat paras... ja ainoa puolustuksemme. He toimivat salassa suojellakseen meitä avaruuden hörhöiltä. He ovat MEN IN BLACK - MIEHET MUSTISSA!
Yliluonnollisia ilmiöitä tutkiva John Constantine (Keanu Reeves) yritti nuorena itsemurhaa,mikä eväsi häneltä pääsyn taivaaseen. Nyt hän manaa maan päällä sääntöjä rikkovia demoneja takaisin helvettiin taivaspaikan toivossa.
Marvel-universumin sarjakuvasankari Captain America syntyi vuonna 1941 juuri sitä tarkoitusta varten, mitä nimestä ja vuosiluvusta voisi päätellä. Tähtilipun värejä ja muotoja suosiva Captain America on isänmaallinen sankari ja Hitlerin pahin vihollinen. Myös elokuvan tarina alkaa Yhdysvalloista toisen maailmansodan aikaan. Steve Rogers (Chris Evans) haluaa vapaaehtoisena sotimaan isänmaansa puolesta. Mutta hän ei kelpaa sotilaaksi, koska on sairaalloinen ruipelo. Armeijalle työskentelevä tiedemies järjestää lopulta Steven sotilaskoulutukseen, koska hän tarvitsee koekaniinin testeihinsä.Rogers osallistuu vapaaehtoisena armeijan salaiseen projektiin, joka muuttaa hänet huippusotilaaksi (Kapteeni Amerikka). Hän taistelee apurinsa Bucky Barnesin ja Peggy Carterin kanssa roistomaisen Red Skullin johtamaa pahaa HYDRA-organisaatiota vastaan.
Jaime Reyes löytää hallustaan muinaisen muukalaisbioteknologian jäännöksen, joka valitsee Jaimen symbioottiseksi isännäkseen. Hän saa päälleen haarniskan, joka kykenee poikkeuksellisiin, mutta samalla myös arvaamattomiin voimiin.
Eletään vuotta 2023. Yhdysvaltojen uudet vallanpitäjät antavat kansalaisille vuosittain yhden yön aikaa toteuttaa pimeää puoltaan: 12 tunnin "Puhdistuksen" ajan kaikki rikokset ovat sallittuja ja hätäpalvelut poissa käytöstä. Vuosittaisen puhdistuksen jälleen alkaessa Leo, poikansa kuoleman riivaama arvoituksellinen oman tiensä kulkija, janoaa kostoa. Hyökkäyksen kohteeksi joutunut yksinhuoltajaäiti Eva joutuu jättämään asuntonsa tyttärensä Calin kanssa. Nuoren pariskunnan Shanen ja Lizin auto ryöstetään. He hakevat turvaa Leon panssaroidusta autosta ja päätyvät yhdistämään voimansa näiden kolmen muun tuntemattoman ihmisen kanssa. Pian tälle sattuman yhdistämälle ryhmälle selviää, kuinka pitkälle he ovat valmiita menemään puolustaessaan itseään ja toisiaan. Heidän täytyy vain selvitä hengissä yön yli.
Edellisen osan tapahtumat liittyvätkin olennaisesti uuden sarjakuvasaippuaoopperan juoneen.Viime jaksossahan sekä sankarin tyttöystävä Mary Jane että paras kaveri Harry Osborn saivat tietää, että Peter Parker on Hämähäkkimies. Tämä tuo vähän lisämielenkiintoa kolmososan juoneen, joka keskittyy ennen kaikkea Hämiksen ja hänen naisensa rakoilevaan suhteeseen. Hyvin ei mene kaveririntamallakaan: Harry kantaa kaunaa Peterille isänsä, Vihreän menninkäisen, kuoleman takia ja muuttuu itsekin superkonnaksi.Avaruudesta pudonnut organismi muotoutuu suhdesopan keskellä Hämähäkkimiehen uudeksi mustaksi puvuksi. Sen myötä nössö-Peter muuttuu kovikseksi, joka keimailee kadulla jokaiselle vastaantulevalle naiselle ja kukkoilee jazz-klubilla elokuvan toisessa (!) musikaalikohtauksessa. Tässä vaiheessa avaruusmönjä on ottanut valtaansa myös elokuvan tekijät tai sitten näiltä on muuten vaan karannut mopo käsistä. Muilta osin filmin huumori onneksi toimii.
Rutiinitehtävällä oleva Agentti J saa vihiä Serleena-nimisen avaruushirviön pirullisesta suunnitelmasta. Seksikkääksi alusvaatemalliksi naamioitunut Serleena on uhka koko maailmankaikkeudelle. Serleenan laittaessa mustanpuhuvan turvallisuusorganisaation kuulat sekaisin, Agentti J tietää, että nyt tarvitaan parhaat mahdolliset voimat kehiin. Agentti J päättää hakea eläkkeelle siirtyneen vanhan oppi-isänsä Agentti K:n jälleen mukaan remmiin. Agentti K ei vaan ole enää mikään agentti, vaikka valtion hommissa onkin. K on töissä postissa, eikä muista tuon taivaallista vanhoista seikkailuistaan. Mutta kun täytyy jälleen pelastaa maapallo, galaksi ja saman tien koko universumi, vanhalle ketulle löytyy taas käyttöä.
Järisyttävässä toimintaelokuvassa Marvelin tuotannosta tuttu sarjakuvasankari sovitetaan valkokankaalle. Osallistuttuaan kenraali Rossin epäonniseen tutkimukseen hiljainen Bruce Banner muuttuu aina tulistuessaan väkivahvaksi Hulkiksi, joka tyrannisoi ympäristöään. Kun Ross kätyreineen saa vuosien jälkeen vihiä piilottelevan Brucen olinpaikasta, on edessä vauhdikas karkumatka. Entinen tyttöystävänsä Betty apunaan Bruce pakenee ja etsii parannuskeinoa mittavaan vaivaansa. Asia ei kuitenkaan ole mutkaton, kun käykin ilmi, että Ross on salaillut alun alkaen tarkoitusperiään ja eräs hänen miehistään saa projektista yli-inhimilliset kyvyt alkaen janota lisää...
Asianajaja paljastaa vahingossa todistajansuojelussa olevan entisen kihlattunsa henkilöllisyyden, ja tämän käräyttämät huumeiden salakuljettajat lähtevät heidän peräänsä.